Przyszłość, w systemie słonecznym wybucha wojna, w której walczą ze sobą Ziemianie i koloniści. Zaledwie po tygodniu walk ginie połowa ludzkości. Jedyna szansa na ocalenie Ziemi przed podbiciem tkwi w tajnym projekcie V, który realizowany jest w bazie w kolonii Side 7. Naukowcy tam zgromadzeni pracują nad zbudowaniem olbrzymiego mecha, tytułowego Gundama. Niestety, ich prace zostają przerwane nagłym atakiem secesjonistów. Syn głównego inżyniera - 15-letni Amuro Ray chowa się przed ostrzałem wewnątrz mecha. Nieopatrznie wprawa całą machinerię w ruch i podejmuje walkę z wrogami...

Statek federacji z prototypem nowego modelu "mobile suite'a" bezpiecznie dotarł na Ziemię. Niestety, po wylądowaniu okazuje się, że znalazł się w samym centrum wrogiego terytorium. Amuro Ray ponownie zmuszony zostaje do podjęcia walki z wrogiem. Tym razem jego przeciwnikiem będą nie tylko secesjoniści, ale również własne przerażenie i strach.