Akcja rozgrywa się rok po wydarzeniach z serii anime. Po przejściu przez żmudną drogę przez wiele Linii Świata z powodu wynalezienia D-Maila wysyłanego w przeszłość, Rintarou Okabe przypuszczalnie wylądował w Bramie Steina - Linii Świata, w której żaden z jego przyjaciół nie będzie musiał ginąć, a przyszłość rządzona przez SERN przez wynalezienie maszyny czasu już nie istnieje. Jednak Rintarou zaczyna odczuwać skutki uboczne swojej nieustannej podróży przez Linie Świata, które nagle narastają i porywają Rintarou z egzystencji. Tylko Kurisu Makise, dziewczyna którą uratował, pamięta go przez déjà vu. Teraz Kurisu musi znaleźć sposób, żeby sprowadzić Rintarou z powrotem.

Nastoletnia Hotaru po raz kolejny udaje się na wakacje do dziadków na wieś. Góry, spokój, cisza – nuda, powiedzą niektórzy. Czegóż to dziewczyna z wielkiego miasta może szukać na prowincji? Powód jest całkiem prosty, ale i zrozumiały. Wszystko zaczęło się, gdy sześcioletnia Hotaru zabłądziła w lesie, w którym według lokalnych podań można spotkać youkai. Na ratunek przyszedł jej tajemniczy chłopak o imieniu Gin, noszący lisią maskę. Dziewczynka z miejsca zapałała do niego sympatią, jednak już na samym wstępie wybawca ostrzegł ją, by go nie dotykała, bo bezpośredni kontakt z człowiekiem sprawi, że chłopak zniknie. Czyżby Gin był youkai? Mniejsza o to, Hotaru znalazła niezwykłego przyjaciela, z którym zaczęła spędzać coraz więcej czasu. Skończyły się jednak wakacje, a kiedy przyszedł czas, żeby wracać do domu, dziewczynka obiecała, że wróci za rok. I faktycznie, oboje spotykają się ponownie każdego kolejnego lata.