W Occultic;Nine spotkamy się z siedemnastoletnim Yuutą Gamonem, licealistą zainteresowanym nauką o zjawiskach paranormalnych oraz autorem bloga "Choujou Kagaku Kirikiri Basara", dotyczącego okultyzmu. Stronę tę śledzi również ośmioro innych specyficznych indywiduów krążących wokół tego tematu. Fabuła rozkręca się, gdy dziwnym zbiegiem okoliczności dziewiątce naszych bohaterów nagle zaczynają przydarzać się niedorzeczne sytuacje wykraczające poza zdrowy rozsądek. W konsekwencji mogą one doprowadzić do wydarzenia zaburzającego porządek świata.

W tej historii nie ma na świecie nic, czego tajemniczy złodziej-widmo Joker nie mógłby ukraść. Podąża za skarbem w nieprzewidywalnych kaparach z pozornie cudownymi sztuczkami.

Kamijyo Touma, główny bohater tej opowieści jest zwykłym uczniem zamieszkałym w ogromnym przepełnionym technologią mieście. Jednak to nie technologia rzuca się tutaj w oczy. Otóż niektórzy z uczniów posiedli dość nietypowe umiejętności. Kontrola wyładowań elektrycznych bądź inne tego typu zdolności, są w posiadaniu niewielkiej liczby uczniów. Naukowcy zauważając to, nie pozostali obojętni. Ich badania nad ludzkimi możliwościami nie ustają, jednak nie ograniczają oni w żaden sposób wolności swych wychowanków. System monitorujący owe nadludzkie moce ma za zadanie oceniać możliwości danych jednostek w pięciostopniowej skali. W mieście znajduje się zaledwie kilka osób z tak zwanym "poziomem 5".