Ash wraz z przyjaciółmi próbuje powstrzymać Butlera przed wykorzystaniem legendarnego pokemona Jirachi i zemstą na Zespole Magma.

Zły i podstępny Kapitan Phantom chce być w posiadaniu pewnego jaja, z którego wkrótce wykluje się legendarny pokemon zwany Księciem Mórz - Manafi. Kiedy jajo trafia w ręce niegodziwca, młody Jackie - Strażnik Pokemon, wykrada niewyklutego stworka. Tymczasem Ash, May, Brock i Max wciąż kontynuują swoją wędrówkę, aż pewnego dnia spotykają pana Walkera u którego przebywa Jackie z jajkiem. Wiedzą oni, że wkrótce Kapitan Phantom przybędzie po jajko. Ash postanawia pomóc im i nienarodzonemu pokemonowi.

Ash wraz z przyjaciółmi znajduje się w środku konfliktu pomiędzy Deoxysem a Rayquazem.

Ash i przyjaciele przybywają do zamku Camaron, gdzie odbywa sie turniej ku czci Strażnika Aury. Ash wygrywając turniej otrzymuje na jeden wieczór historyczne berło które posiadał wiele wieków wcześniej bohater Aaron. Kiedy Ketchum dostaje w dłonie berło budzi Lucario, Pikachu nagle znika. Ash rozpoczyna podróż do mistycznego drzewa, wraz z Lucario który obiecał pomóc w odnalezieniu Pikachu. Tym samym rozpoczyna się seria niefortunnych zdarzeń, która może ponownie postawić losy ziemi na krawędzi!