Akcja dzieje się w Universal Century 0088, bezpośrednio po zakończeniu wydarzeń z Mobile Suit Zeta Gundam. Haman Karn i jej armia będąca pozostałością po dawnej Republice Zeonu, dąży do odrodzenia utraconego imperium Zabi i ogłasza się jako Neo-Zeon. Ponieważ Federacja Ziemi jest bezsilna wobec tej sytuacji, tylko Grupa Antykosmiczna (AEUG) jest w stanie przeciwstawić się planom Neo-Zeona. Potrzebujący wszelkiej pomocy, jaką może uzyskać po zdziesiątkowaniu w poprzedniej wojnie i utracie wielu kluczowych członków, statek AEUG, pozyskuje pomoc młodego kolekcjonera śmieci z kolonii Side 1 Shangri-La o imieniu Judau Ashta. Zostaje on nowym pilotem Double Zeta Gundam.

Jest Universal Century 0087, a roczna wojna między Federacją Ziemi a Księstwem Zeonu dobiegła końca. Federacja Ziemi utworzyła elitarną grupę zadaniową, znaną jako Tytani, która jest odpowiedzialna za polowanie na pozostałe siły Zeona. Jednak żądni władzy Tytani nie okazali się lepsi od Zeona, co doprowadziło do powstania buntowniczej frakcji zwanej Anti-Earth Union Group (AEUG). 17-letnia Kamille Bidan mieszka w kolonii Green Noa, w której znajduje się baza Tytanów. Kamille wpada w tarapaty po napaści na oficera Tytanów, zdarzeniu, które zbiega się z atakiem prowadzonym przez byłego asa Zeona, Chara Aznable'a, znanego obecnie jako pilot AEUG Quattro Bajeena. Kiedy Kamille kradnie prototyp Gundama Tytana, wkrótce znajduje się w samym środku niebezpiecznego konfliktu.