Wersja filmowa jest kompletną wersją opowiadania. Obejmuje wszystkie OVA i oferuje nowe sceny podające szczegóły na temat historii niektórych postaci. Pewnego dnia, po sprawdzeniu danych swojego androida Sammy'ego, student Rikuo zauważył, że jego zapisy zachowań były ostatnio dziwne. Wraz ze swoim przyjacielem postanawia śledzić ruchy maszyny, dzięki czemu odkrywa małą kawiarnię o nazwie „Eve no Jikan”, w której androidy i ludzie są postrzegani tak samo. Po rozmowie z „ludźmi” w kawiarni i odkryciu więcej zachowań Sammy'ego Rikuo zmienił zdanie na temat maszyn i zaczął traktować ich jako przyjaciół, a nie narzędzia. W tym samym czasie Komitet Etyki Robotów próbuje narzucić politykę ograniczenia zaangażowania i stosowania androidów w społeczeństwie.

Królestwo Orb w wyniku ataku Sojuszu Ziemskiego upadło. Jednak zanim baza wojskowa Orb zostaje zniszczona, wysyła on załogę Archanioła i Kusanagi w kosmos, by tam ostatecznie zakończyli toczącą się od ponad roku wojnę. Główną bronią stają się ocalałe Gundamy Królestwa Orb, a także najnowsze Gundamy: Wolność i Sprawiedliwość. Do załogi przyłącza się Lacus Clone piosenkarka, która wykradła z bazy Haftu statek bojowy. Tymczasem Sojusz Ziemski powołuje załogę statku podobnego do archanioła Dominiona do zniszczenia zdradzieckiego Archanioła. Jednocześnie Sojusz Ziemski stosuje broń jądrową do zniszczenia bazy kosmicznej ZAFT. W wyniku tych działań, ZAFT ujawnia swą broń GENESIS, stację bojową, która jest zdolna do zniszczenia Ziemi. Kira i Athrun wraz z sojusznikami muszą przeciwstawić się siłom Sojuszu Ziemskiego i ZAFT by ocalić ludzkość przed zagładą. Jedynym rozwiązaniem jest zniszczenie Genesis i pokonanie największego wroga; fanatycznego Koordynatora Rau Le Creuset

Walka pomiędzy Ziemskim Sojuszem (Naturalnymi) a organizacją ZAFT (Koordynatorami) trwa. Kira Yamato wraz ze statkiem Archanioł kontynuuje podróż po Ziemi. Znajdują oni końcu schronienie w neutralnym państwie – Królestwie Orb. Athrun i reszta pilotów – koordynatorów nie mogą uwierzyć w fakt, że Archanioł został zniszczony zgodnie z zapewniami Królestwa Orb. Wkrótce dochodzi do najkrwawszej walki miedzy Kirą a Athrunem – przyjaciółmi z dzieciństwa. Podczas walki oba Gundamy zostają zniszczone a po Kirze nie zostaje ślad. Archanioł dociera na Alaskę gdzie znów musi stanąć do walki, ponieważ ZAFT realizuje wielką operację militarną przeciwko Ziemskiemu Sojuszowi. Calem ataku stają się bazy na Alasce i w Panamie. Poczynania Archanioła zostają uznane przez Sojusz Ziemski jako zdrada.

W 75. roku K.E. walki nadal trwają. Pojawiają się ruchy niepodległościowe i agresja ze strony Blue Cosmos… Aby uspokoić sytuację, powstaje globalna agencja monitorująca pokój o nazwie COMPASS, której pierwszym przewodniczącym zostaje Lacus. Jako członkowie COMPASS Kira i jego towarzysze interweniują w różnych regionalnych bitwach. Wtedy nowo powstały naród o nazwie Foundation proponuje wspólną operację przeciwko twierdzy Blue Cosmos.

Nono Hana jest uczennicą z 2 klasy gimnazjum, która chce być gorącą i stylową panienką. Zawsze przybiera piękny uśmiech i uwielbia szukać ekscytujących rzeczy. Pewnego dnia Hana poznaje dziecko o imieniu Hug-tan i jej strażniczą wróżkę o imieniu Harry, która spadła z nieba. W tej samej chwili nagle pojawiła się zła organizacja „Mroczne Jutro”! Siłą próbują odebrać Hug-tan Mirai Crystal! Aby chronić Hug-tan, Hana chce zrobić coś, aby jej pomóc, a jej życzenie zostaje spełnione, gdy zdobywa Mirai Crystal i przemienia się w Cure Yell. Świat przepełniony jest Tomorrow Powerer, która jest mocą tworzenia wspaniałego jutra, która krystalizuje się w Mirai Crystals. Jeśli zostaną skradzione, przyszłość wszystkich przestanie istnieć. Aby chronić Hug-tan i przyszłość wszystkich, Cure Yell zrobi wszystko, co w jej mocy!