Wojna Świętego Graala: brutalna bitwa pomiędzy magami, w której siedmiu mistrzów i ich przyzwani słudzy walczą o Świętego Graala, magiczny artefakt potrafiący spełnić każde życzenie. Prawie 10 lat temu, finałowa walka Czwartego Świętego Graala spowodowała zniszczenia w mieście Fuyuki i zabrała ponad 500 istnień, pozostawiając miasto zdewastowane. Shirou Emiya, niedobitek tej tragedii, aspiruje do zostania Bohaterem Sprawiedliwości jak jego wybawca i przybrany ojciec, Kiritsugu Emiya. Pomimo bycia zwyczajnym uczniem, Shirou jest wrzucony w Piątą Wojnę Świętego Graala kiedy przypadkowo widzi walkę pomiędzy sługami w szkole i wzywa swojego własnego, Saber. Kiedy tajemniczy cień zaczyna rzeź w Fuyuki, Shirou łączy siły z Rin Toosaką, inną uczestniczką Wojny Świętego Graala, w celu zatrzymania śmierci niezliczonej liczby ludzi. Jednak, uczucia Shirou do jego bliskiej przyjaciółki Sakury Matou prowadzą go głębiej w mroczne sekrety otaczające wojnę i zwaśnionych rodów w nią zaangażowanych.

Nowy rekrut Agencji Bezpieczeństwa Chaldei odkrywa, że ludzkość stoi w obliczu wyginięcia, dlatego cofa się w czasie, aby zmienić przyszłość.