Główny bohater, Saitou Yakumo, to zamknięty w sobie, zawsze opanowany student, który dzięki zapoznaniu się z pełną energii dziewczyną, zaczyna być nieco bardziej otwarty na świat. Fakt iż posiada on czerwone oko, umożliwiające kontakt z duchami zmarłych, pomaga mu w rozwiązywaniu zagadek. Wraz z kolejnymi odcinkami odkrywamy powoli historię naszego bohatera.

Ludzie uciekli z Ziemi przed obcymi zwanymi Gauna, którzy zniszczyli ich planetę i ruszyli w pogoń za niedobitkami gatunku ludzkiego. Przeżyć udało się nielicznym uciekinierom na statku o nazwie Sidonia, który musiał im służyć wiekami jako forteca. Sidonia no Kishi opowiada o losach chłopaka wychowywanego przez dziadka na dolnych, opuszczonych pokładach statku, będącym jedną z ostatnich nadziei ludzkości. Pewnego dnia w poszukiwaniu jedzenia młodzieniec wybiera się na jeden z górnych pokładów, zostaje zauważony, gdy kradnie ryż i podczas ucieczki przez nieostrożność zostaje złapany. Po tym incydencie zostaje wśród ludzi w świecie, którego do końca nie zna, ale mimo to zaprzyjaźnia się z nimi i postanawia, że będą razem bronić statku i ludzi, których pokochał.

Wydarzenia rozgrywają się w alternatywnym świecie w XX wieku. Głównymi bohaterami są dwaj bracia - starszy Edward Elric i młodszy Alphonse Elric. Obaj pasjonują się alchemią, formą nauki, która wymaga dużej wiedzy i zdolności. Pewnego dnia ich matka Trisha umiera. Bracia nie mogąc pogodzić się z utratą bliskiej im osoby, postanawiają przywrócić ją do życia za pomocą alchemii. Łamią wiec tabu i przeprowadzają transmutację. Wyniki ich działań okazują się tragiczne. Alphonse traci swoje ciało, a Edward lewą nogę. Ostatkiem sił starszemu bratu udaje się poświęcić prawą rękę i wiąże duszę swojego brata ze starą zbroją. Od tego czasu głównym zadaniem Eda i Ala jest odnalezienie kamienia filozoficznego, zwiększającego możliwości alchemii i tym samym przywrócenie utraconych ciał.

Głównym bohaterem anime jest Kasugano Haruka. Historia rozpoczyna się w momencie jego przeprowadzki do miasteczka, w którym dawniej mieszkał wraz ze swoją siostrą bliźniaczką - Sorą. Ich rodzice niedawno zmarli w tragicznym wypadku i pozostawili dzieci samym sobie. Ma to bardzo duży wpływ na rozwój relacji pomiędzy rodzeństwem, będących w zasadzie tematem przewodnim tego tytułu. W ramach postępu fabuły nasz protagonista poznaje kilka nowych dziewcząt. Nie obędzie się również bez przyjaciółek z dzieciństwa. Fabuła anime przedstawia nam różne ścieżki z gry - zobaczymy więc każdą z bohaterek w roli ukochanej Haruki. Na jedną historię poświęcone jest około 2,5 odcinka, a tłem we wszystkich wątkach jest postać Sory, która nie odstępuje swojego brata na krok.

Anime opowiada o losach zboczonego 5latka i jego najbliższego otoczenia, nieprzerwanie od 1992 roku bawiąc kolejne pokolenia widzów. Mimo iż anime było emitowane w Polsce jako kreskówka dla dzieci zdecydowanie nie powinna być tak klasyfikowana ze względu na rodzaj humoru i gagów typu ecchi. Komedia ta jest lekka i zabawna, każdy odcinek opisuje nowe przygody więc można je oglądać w dowolnej kolejności.

Przygody młodego hiszpańskiego chłopca imieniem Esteban, który dołącza do podróży do Nowego Świata w poszukiwaniu zaginionych Złotych Miast i jego ojca.