Pewnego dnia drogi piętnastoletniej Fuu, wędrowca Mugena i rōnina Jina krzyżują się - Mugen i Jin toczą pojedynek, w wyniku którego spalona zostaje herbaciarnia, w której pracuje Fuu. Samuraje, w zamian za uratowanie życia, zobowiązują się - bardzo niechętnie - pomóc Fuu w odnalezieniu pewnego samuraja. Przed nimi długa i ciężka droga po całej Japonii, ponieważ jedyną rzeczą, którą wiadomo o owym samuraju jest to, że pachnie jak słonecznik. W trakcie wędrówki poznają się bliżej, przeżyją wiele niesamowitych przygód, nauczą się także czegoś o sobie samych.

Jest rok po wydarzeniach z Kolonii 195 i rozpoczęła się wojna między Koloniami Kosmicznymi a Ziemią. Aby dać koloniom przewagę, wysłano pięciu młodych żołnierzy, wyszkolonych do perfekcji na Ziemię, w najpotężniejszym z Mobilnych Kombinezonów-Gundamów. Wraz z ich przybyciem fala wojny zmienia się, gdy walczą przeciwko siłą Ziemi i swoich pobratymców-kolonistów.

Wydarzenia rozgrywają się w alternatywnym świecie w XX wieku. Głównymi bohaterami są dwaj bracia - starszy Edward Elric i młodszy Alphonse Elric. Obaj pasjonują się alchemią, formą nauki, która wymaga dużej wiedzy i zdolności. Pewnego dnia ich matka Trisha umiera. Bracia nie mogąc pogodzić się z utratą bliskiej im osoby, postanawiają przywrócić ją do życia za pomocą alchemii. Łamią wiec tabu i przeprowadzają transmutację. Wyniki ich działań okazują się tragiczne. Alphonse traci swoje ciało, a Edward lewą nogę. Ostatkiem sił starszemu bratu udaje się poświęcić prawą rękę i wiąże duszę swojego brata ze starą zbroją. Od tego czasu głównym zadaniem Eda i Ala jest odnalezienie kamienia filozoficznego, zwiększającego możliwości alchemii i tym samym przywrócenie utraconych ciał.