Królestwo Orb w wyniku ataku Sojuszu Ziemskiego upadło. Jednak zanim baza wojskowa Orb zostaje zniszczona, wysyła on załogę Archanioła i Kusanagi w kosmos, by tam ostatecznie zakończyli toczącą się od ponad roku wojnę. Główną bronią stają się ocalałe Gundamy Królestwa Orb, a także najnowsze Gundamy: Wolność i Sprawiedliwość. Do załogi przyłącza się Lacus Clone piosenkarka, która wykradła z bazy Haftu statek bojowy. Tymczasem Sojusz Ziemski powołuje załogę statku podobnego do archanioła Dominiona do zniszczenia zdradzieckiego Archanioła. Jednocześnie Sojusz Ziemski stosuje broń jądrową do zniszczenia bazy kosmicznej ZAFT. W wyniku tych działań, ZAFT ujawnia swą broń GENESIS, stację bojową, która jest zdolna do zniszczenia Ziemi. Kira i Athrun wraz z sojusznikami muszą przeciwstawić się siłom Sojuszu Ziemskiego i ZAFT by ocalić ludzkość przed zagładą. Jedynym rozwiązaniem jest zniszczenie Genesis i pokonanie największego wroga; fanatycznego Koordynatora Rau Le Creuset

Walka pomiędzy Ziemskim Sojuszem (Naturalnymi) a organizacją ZAFT (Koordynatorami) trwa. Kira Yamato wraz ze statkiem Archanioł kontynuuje podróż po Ziemi. Znajdują oni końcu schronienie w neutralnym państwie – Królestwie Orb. Athrun i reszta pilotów – koordynatorów nie mogą uwierzyć w fakt, że Archanioł został zniszczony zgodnie z zapewniami Królestwa Orb. Wkrótce dochodzi do najkrwawszej walki miedzy Kirą a Athrunem – przyjaciółmi z dzieciństwa. Podczas walki oba Gundamy zostają zniszczone a po Kirze nie zostaje ślad. Archanioł dociera na Alaskę gdzie znów musi stanąć do walki, ponieważ ZAFT realizuje wielką operację militarną przeciwko Ziemskiemu Sojuszowi. Calem ataku stają się bazy na Alasce i w Panamie. Poczynania Archanioła zostają uznane przez Sojusz Ziemski jako zdrada.

Film oparty na Anime Gundam Seed. 70 rok Ery Kosmicznej. Drobne tarcia pomiędzy genetycznie zmodyfikowanymi ulepszonymi ludźmi (Koordynatorami) a "zwykłymi śmiertelnikami" (Natralnymi) przerodziły się w poważny konflikt. Sojusz Ziemski na neutralnej kolonii kosmicznej skonstruował pięć robotów bojowych - Gundamów, aby dogonić bardziej technologicznie rozwiniętych Koordynatorów. W wyniku nieprzewidzianych zdarzeń, młody Koordynator, Kira Yamato uciekający przed wojną staje się pilotem Strike Gundama - jednego z robotów skonstruowanych przez Sojusz Ziemski. Kira musi odnaleźć się w nowej sytuacji i stawić czoła ludziom ze swojej „rasy” aby ochronić swoich przyjaciół.

Dochodzi do całkowitego zaćmienia Słońca. Pojawia się mroczna trupa cyrkowa, Mamoru zapada na tajemniczą chorobę, a w mieście zaczynają się dziać złe rzeczy.

Uta — najbardziej kochana piosenkarka Świata. Jej głos, który ukrywa jej prawdziwą tożsamość, został opisany jako „Nie z tego świata!”. Po raz pierwszy pojawi się publicznie podczas koncertu na żywo. Podczas gdy miejsce koncertu wypełniają fani Uta – podekscytowani piraci, przyglądająca się wszystkiemu uważnie marynarka wojenna i Słomkowe Kapelusze prowadzone przez Luffy'ego, który po prostu przyszedł cieszyć się jej występem. Głos, na który czekał cały świat, zaraz zabrzmi jak nigdy dotychczas. Historia zaczyna się od szoku, okazuje się, że Uta jest „córką Shanksa”.