Kiedy najładniejsza dziewczyna w klasie pyta Kenjiego, czy chciałby odwiedzić z nią jej rodzinę, spełnia się jego największe marzenie. Jednak sytuacja ta wkrótce zamieni się w istny horror. Natsuki nie powiedziała Kenjiemu, że jej rodzina jest ogromna i że ma on udawać jej narzeczonego. A poza tym ktoś wywołał niesamowity chaos w Internecie i użył w tym celu konta Kenjiego! Na skutek tej ingerencji sieć przestaje funkcjonować - system kontroli ruchu drogowego, archiwa danych zebranych w urzędach. Bardzo utrudnia to życie "w realu". Niewinny Kenji zostaje o wszystko obwiniony, ale zanim w ogóle zdoła się zorientować, co się dzieje, staje się uczestnikiem bitwy o losy świata.

Pięcioletni Sosuke mieszka wraz z mamą nad brzegiem morza. Pewnego dnia chłopiec znajduje na plaży butelkę z uwięzioną w niej złotą rybką. Sosuke ratuje ją i daje na imię Ponyo. Wkrótce okazuje się, że Ponyo nie jest taką sobie zwykłą rybką. To córka wielkiego maga i morskiej bogini. Pewnego dnia rybka przy pomocy magicznego zaklęcia zamienia się w małą dziewczynkę. Ona i Sosuke szybko stają się parą nierozłącznych przyjaciół. Niestety, ta magiczna transformacja narusza równowagę w przyrodzie. Ojciec-mag wysyła fale oceanu na poszukiwanie córki, Księżyc niebezpiecznie zbliża się do Ziemi. Dzieci odważnie próbują zapobiec katastrofie, a jednocześnie spełnić marzenia Ponyo o byciu człowiekiem.