Wrota czasu otwierają się pomiędzy szermierzem z końca dynastii Goryeo, który pragnie zdobyć legendarny boski miecz, a ludźmi z 2022 roku, którzy ścigają kosmicznego więźnia ukrytego w ludzkim ciele.

Alienoid rozgrywa się w dwóch przestrzeniach czasowych. Współcześnie, gdy ludzie polują na więźnia z kosmosu zamkniętego w ludzkim ciele oraz pod koniec dynastii Goryeo, w której Gurus próbuje dostać w swoje ręce tajemniczy święty miecz. Gdy otwiera się portal do podróży w czasie, obie grupy bohaterów się spotykają. 10 lat wcześniej grupa skazanych przestępców z kosmosu zostaje wysłana na Ziemię, ale jednemu z bohaterów udaje się ich zamknąć w ludzkich mózgach. Po jakimś czasie ich szef zwany architektem uwalnia się z więzienia, więc postacie ruszają w pościg. Portal do podróży w czasie natomiast powstaje w wyniku nieoczekiwanego starcia pozaziemskich sił.

XVII wiek na tle burzliwych politycznych zmian. Tae-Yeul był niegdyś najlepszym królewskim wojownikiem, ale po nieudanej obronie swojego pana odszedł w niesławie, aby zamieszkać na odludziu ze swoją córką Tae-Ok. Gdy lata później bohater zaczyna tracić wzrok, musi udać się do miasta po lekarstwo. Tam Tae-ok wpada w ręce okrutnego handlarza niewolnikami Gurutaia. By ją ratować, Tae-Yeul raz jeszcze zmuszony jest sięgnąć po swój miecz. Po drodze do celu będzie musiał zmierzyć się nie tylko z zanikającym wzrokiem i dziesiątkami przeciwników, ale także z demonami swojej krwawej przeszłości...