Melancholia opowiada o trójce bohaterów – zakonnicy, prostytutce i jej alfonsie, będąc 8-godzinną medytacją na temat miłości, życia i cierpienia, Reżyser stawia w niej filozoficzno-egzystencjalne pytania o kondycję współczesnego świata. To obraz pełen odcieni psychologicznych, historyczno-społecznych, filozoficznych oraz... humorystycznych. Zdesperowani, naznaczeni przez traumatyczne doświadczenia bohaterowie szukają sposobów, które pozwoliłyby im wzajemnie zrozumieć się i dalej żyć. Za wszelką cenę chcą uciec od nękającego ich niepokoju, włącznie z ryzykowaniem życia, które… paradoksalnie, próbują ocalić. Krok po kroku poznajemy ich prawdziwe relacje, ich historie (ściśle związane z krwawą przeszłością Filipin) oraz przyczyny ich smutku. Nic nie jest takie, jakie się wydaje i wraz z rozwojem fabuły ujawniają się kolejne jej warstwy.