Zaginieni przed laty ludzie powracają na Ziemię w tym samym czasie. Agenci NSA odkrywają, że odnalezieni dysponują nadprzyrodzonymi umiejętnościami, które mogą zmienić losy świata.

Max Guevara w dzieciństwie została zmutowana genetycznie i teraz jest nadnaturalnie silną, inteligentną, sprytną, młodą i niezwykle piękną kobietą. Wydostaje się z laboratorium, w którym była "hodowana" na doskonałego żołnierza. Jednakże jej wspomnienia są bardzo wybiórcze i niewiele pamięta ze swojej przeszłości. Spotyka Logana Cale'a, który w zamian za współpracę w walce z przestępczością, obiecuje pomóc zapełnić białe plamy w jej historii.

Serial ten to prowokująca telewizyjna antologia, wielokrotnie uhonorowana nagrodami Emmy. Podobnie jak w przypadku klasycznego już serialu z lat. 60.tych, pod tym samym tytułem, każdy odcinek jest celebracją ludzkiej wyobraźni, badań nad przekraczaniem nowych granic z zakresu technologii, kosmosu i ludzkich doświadczeń, które ujawniają nasze największe nadzieje i największe obawy. Historie, podejmowane w serialu rozwijają konsekwencje kontrowersyjnych i prowokujących tematów takich jak manipulacja genetyczna, wizyty Obcych na Ziemi, oraz kwestię życia po śmierci.

Po powrocie pułkownika O’Neilla z misji na Abydos, Gwiezdne wrota zostały wyłączone i przechowywane były w bazie Cheyenne. Rok później Wrota aktywowały się i wyszła z nich grupa obcych zwanych Goa’uldami, która napadła na bazę. Jej dowódca, gen. Hammond poprosił pułkownika O’Neilla o powrót do służby i pomoc w poprowadzeniu kolejnej misji na Abydos. Na miejscu ekipa z Ziemi spotkała doktora Jacksona, który został na planecie po pierwszej wyprawie. Odkrył on, że w galaktyce istnieje cała sieć Gwiezdnych wrót. Oznaczało to, że skoro obcy nie przyszli z Abydos mogli wrócić na którykolwiek z tysięcy adresów. Kolejny atak obcych, tym razem na mieszkańców Abydos umożliwił Ziemianom odnalezienie i uratowanie porwanych.

Serial opowiada o nietypowej parze agentów FBI. Fox Mulder (David Duchovny) i Dana Scully (Gillian Anderson) prowadzą tytułowe Archiwum X, komórkę Federalnego Biura Śledczego, do której trafiają wszystkie sprawy nie dające się wyjaśnić na drodze konwencjonalnego rozumowania. Mulder głęboko wierzy w istnienie istot pozaziemskich i innych niewytłumaczalnych zjawisk, będących przedmiotami ich śledztw. Praca w Archiwum X jest dla niego próbą wyjaśnienia zagadki zaginięcia swojej siostry, która – jak twierdzi Mulder – została porwana przez obcych. Scully natomiast, jako naukowiec, jest bardzo sceptycznie nastawiona do wszelkich badanych przez nich spraw, choć w toku wydarzeń sama także zaczyna wierzyć w paranormalne zjawiska. Z czasem do Muldera i Scully dołączają agenci John Doggett (Robert Patrick) i Monica Reyes (Annabeth Gish), tworząc drugi duet pracowników Archiwum X.

Specjalna jednostka FBI zajmuje się odnajdywaniem zaginionych osób. Agenci odtwarzają ostatnie godziny przed zniknięciem, próbując ustalić, jak do niego doszło.

Były agent FBI, Frank Black, ma zostać konsultantem tajemniczej organizacji Millennium. Zajmuje się głównie przestępstwami o naturze religijnej. Nie wie jednak, że Millennium to tajna, ponadtysiącletnia organizacja, która wykorzystuje go, by osiągnąć swoje własne cele. Chris Carter stworzył bardzo mroczny obraz, nie tylko dla tego, że większość scen odbywa się w nocy lub ciemnej scenerii, ale także dlatego, że postawił na apokaliptyczno-apokryficzny charakter serialu.

Były agent FBI, Frank Black, ma zostać konsultantem tajemniczej organizacji Millennium. Zajmuje się głównie przestępstwami o naturze religijnej. Nie wie jednak, że Millennium to tajna, ponadtysiącletnia organizacja, która wykorzystuje go, by osiągnąć swoje własne cele. Chris Carter stworzył bardzo mroczny obraz, nie tylko dla tego, że większość scen odbywa się w nocy lub ciemnej scenerii, ale także dlatego, że postawił na apokaliptyczno-apokryficzny charakter serialu.