Emily Watson jest córką architekta i nauczycielki angielskiego. Urodziła i wychowywała się w Londynie. Po skończeniu szkoły średniej studiowała literaturę angielską w Bristolu przez 3 lata. Mimo to zdecydowała się zdawać do szkoły aktorskiej - British Shakespeare School of Acting. Przy pierwszym podejściu oblała, dostała się tam dopiero trzy lata później. W 1992 roku zaczęła występować w Royal Shakespeare Company, gdzie spotkała swojego przyszłego męża, Jacka Watersa. Na londyńskich scenach teatralnych grała m.in. w inscenizacjach ''Trzech sióstr'' Czechowa, ''The Lady from the See" czy w ''Poskromieniu złośnicy''. W 1996 roku gdy Helena Bonham Carter odmówiła zagrania roli Bess McNeill w filmie ''Przełamując fale'', Lars von Trier zaproponował jej tę rolę. Wtedy po raz pierwszy zwróciła na siebie uwagę szerokiej publiczności tworząc niezapomnianą kreację. Był to jej debiut fabularny, wyróżniony m.in. nominacjami do Oscara i Złotego Globu oraz nagrodzony New York Film Critics Award, Felixem dla najlepszej aktorki i nagrodą London Film Critics Award dla ''nowej twarzy'' 1997 roku. Kolejne nominacje do prestiżowych nagród (Oscar, Złoty Glob, SAG, BAFTA) przyniósł jej film Ananda Tuckera "Hilary i Jackie", w którym wcieliła się w tytułowa rolę Jackie. Watson ma na swoim koncie również inne znakomite filmy, w tym "Bokser" Jima Sheridana, w którym wystąpiła razem z Danielem Day-Lewisem oraz "Metroland" z Christianem Bale. Aktorka zagrała również w filmie wyreżyserowanym przez Tima Robbinsa - "Cradle Will Rock" oraz w przedsięwzięciu Sony Pictures Classics - "Trixie", gdzie wystąpiła u boku Nicka Nolte. Na małym ekranie Emily Watson wystąpiła w roli Maggie Tulliver w wysoko ocenionej przez krytykę produkcji teatralnej BBC "Młyn nad Flossą" na podstawie powieści George'a Eliota.