Hiszpania, koniec lat 30. Kraj objęty jest wojną domową. 12-letni Carlos trafia do sierocińca Santa Lucía . Prowadzą go wspierający republikanów nauczyciele, Carmen i doktor Casares. Położony na bezludziu stary budynek skrywa wiele mrocznych tajemnic. Tuż po przybyciu, Carlosowi ukazuje się duch małego chłopca. Bohater podejrzewa, że to Santi, jeden z wychowanków sierocińca, który zniknął w niewyjaśnionych okolicznościach…

Mała Ofelia przybywa do domu nowego męża jej matki, kapitana Vidala. Dziewczynce trudno znieść surowość ojczyma. Przez przypadek Ofelia odkrywa w ogrodzie tajemniczy labirynt. Tam spotka Fauna, baśniowego stwora, który rozpozna w niej księżniczkę magicznej krainy, której grozi zagłada. Przed dziewczynką stoją jednak 3 mordercze zadania, które sprawdzą jej nieśmiertelność. Z czasem okrucieństwo zapanuje nad całym rzeczywistym światem.