Profesor Bomba jest zwariowanym naukowcem, który pragnie udowodnić, że ukryty przed ludzkim wzrokiem miniaturowy świat niezwykłych istot, zwany Zielonym Królestwem, istnieje naprawdę. Profesor jest jedynym człowiekiem, który wierzy w jego istnienie. Do chwili, kiedy jego kilkunastoletnia córka, Mary Katherine, podlega niesamowitej transformacji i przeniesiona zostaje do Zielonego Królestwa. Tam wraz z grupą nowych przyjaciół musi stawić czoła wrogim siłom, które chcą pozbawić władzy Matkę Naturę, królową tej krainy. Wspólnie przeżyją wielką przygodę i uratują świat Zielonego Królestwa... i nasz własny.

Kontynuacja barwnych przygód bohaterów animowanego przeboju z roku 2011. Blu, Julia i trójka ich dzieci wiodą rodzinny tryb życia, ale Julia obawia się, że jej dzieci nigdy nie poznają, co to znaczy być wolnym ptakiem. Ku jej zdumieniu Blu postanawia zabrać całą rodzinę na wyprawę do dżungli. Wyruszają do Amazonii, gdzie na ich trop wpada dawny przeciwnik, Nigel.

Bohaterowie ”Epoki lodowcowej” powracają w cyfrowej wersji 3D, by stawić czoła kolejnym wyzwaniom, w tym wędrówce kontynentów, która może zagrozić przyszłości ich świata.