Na skutek serii niewyjaśnionych zjawisk Księżyc wypada ze swojej orbity i obiera kurs kolizyjny z Ziemią. Jeśli dojdzie do zderzenia, nasza planeta ulegnie zagładzie. Była astronautka Jo Fowler jest przekonana, że przyczyną tego zjawiska jest działanie pewnej tajemniczej siły o niejasnym pochodzeniu. Większości naukowców i polityków ta teoria wydaje się szalona, ale Fowler wierzy, że jest wciąż szansa, by ocalić Ziemię. Wraz z jedynymi ludźmi, którzy wierzą w jej koncepcję: dawnym astronautą Brianem Harperem oraz niejakim Housemanem, specem od teorii spiskowych, Fowler przygotowuje misję ostatniej szansy. Kładąc na szali całą swoją wiedzę, doświadczenie i życie, wyruszają w kosmiczną podróż, podczas której odkryją, że Księżyc nie jest tym, czym nam się zawsze wydawał.

Apocalypse (Oscar Isaac) to pierwszy i najpotężniejszy mutant z uniwersum X-Men, którego od zarania cywilizacji czczono niczym boga. Apocalypse przejął moce wielu innych mutantów, co czyni go nieśmiertelnym i niepokonanym. Gdy budzi się do życia po wielu tysiącach lat, postanawia podbić świat i gromadzi wokół siebie grupę potężnych mutantów, wśród których jest rozczarowany i pozbawiony złudzeń Magneto (Michael Fassbender). Wspólnie postanawiają oczyścić rodzaj ludzki i zaprowadzić nowy porządek na świecie, którym odtąd niepodzielnie władać będzie Apocalypse. Mimo iż los Ziemi wydaje się przesądzony, Raven (Jennifer Lawrence) i Profesor X (James McAvoy) postanawiają wkroczyć do akcji i z pomocą grupy młodych X-Menów powstrzymać wroga i ocalić nasz świat przed totalnym zniszczeniem.