Życie Pazu, osieroconego chłopca z górniczej osady, zmienia się w jednej chwili, kiedy prosto w jego ramiona z nieba spada dziewczynka z zawieszonym na szyi jasnozielonym kamieniem. Okazuje się, że Sheeta i jej tajemniczy naszyjnik są kluczami do odnalezienia mitycznego, unoszącego się gdzieś pośród chmur, pełnego tajemnic i skarbów zamku Laputa, wedle legendy niegdyś zamieszkiwanego przez wysoko rozwiniętą cywilizację. Sheeta musi uciekać przed wojskiem oraz powietrznymi piratami, którzy za wszelką cenę chcą odnaleźć legendarny zamek…

Siedemnastoletnia Tita, kapitan statku Cha Cha Maru jest jedną z kolonistek planety Yietta korzystających z dobrodziejstw unikalnych oceanów płynnego gazu. Razem ze swoją załogą specjalizuje się w pozyskiwaniu egzotycznych form życia zamieszkujących owe oceany i ich sprzedażą międzygalaktycznym sklepom ze zwierzętami. Pewnego dnia, podczas drogi do pracy staje się świadkiem pościgu młodej dziewczyny przez wojsko. Postanawia jej pomóc nie wiedząc jeszcze jakie będą tego konsekwencje. Po udanej ucieczce okazuje się, iż Tita wpakowała siebie i swoją załogę w poważny konflikt, jednak dziewczyna się nie poddaje i postanawia pomóc swojej nowej znajomej Elysse rozprawić się z ludźmi, chcących pozyskać od niej informacje, które ujawnione mogą zagrozić bezpieczeństwu całej planety.