Tytułowy "Baka", Akihisha Yoshii, uczęszcza do Akademii Fumizuki, która wykorzystuje wyjątkowy i nowoczesny system nauczania. Pozwala on uczniom na walki między sobą poprzez przywołanie kreaturek za zgodą nauczyciela, których siła jest wprost proporcjonalna do wyników testowych z poszczególnych przedmiotów. W szkole funkcjonują klasy od najlepszej A do najgorszej F - im jest się niżej, tym bardziej obniża się poziom nauki uczniów, jak i warunki nauczania. Yoshii, jako że nie jest zbyt inteligentny, trafia do najsłabszej klasy i spotyka tam dużo przyjaciół, których łączy jeden cel: za pomocą wcześniej wspomnianych walk odebrać studentom z klasy A ich salę, aby móc się uczyć w lepszych warunkach.

Dziewięcio centymetrowe, malutkie dziewczynki Hakumei i Mikochi żyją w lesie. Mieszkają w malutkim domku w drzewie, jeżdżą na robakach, latają na ptakach, robią parasolki z liści... Dziewczynki żyją tym swoim malutkim życiem, w fantastycznej krainie małych ludzi i bogów.

Historia ta ma miejsce wiele lat w przyszłości, w czasach gdy popularna jest wirtualna gra-bijatyka „Rhyme”, ludzie zaś posiadają „AllMates” („WszechKumple”), podręczne i wygodne komputerki z zaimplementowaną sztuczną inteligencją. Mieszkając ze swoją babcią na wyspie Midorijima, Aoba prowadzi zwyczajne życie pracując w sklepie ze starociami. W przeciwieństwie do swoich przyjaciół, nie uczestniczy on w walkach Rhyme, ani nie przynależy do żadnego ulicznego gangu. Jednak kiedy rozchodzą się plotki o masowych zaginięciach ludzi, chłopak postanawia odkryć tajemnicę wyspy, by tym samym ochronić swoje dotychczasowe, spokojne życie.