Jest Universal Century 0087, a roczna wojna między Federacją Ziemi a Księstwem Zeonu dobiegła końca. Federacja Ziemi utworzyła elitarną grupę zadaniową, znaną jako Tytani, która jest odpowiedzialna za polowanie na pozostałe siły Zeona. Jednak żądni władzy Tytani nie okazali się lepsi od Zeona, co doprowadziło do powstania buntowniczej frakcji zwanej Anti-Earth Union Group (AEUG). 17-letnia Kamille Bidan mieszka w kolonii Green Noa, w której znajduje się baza Tytanów. Kamille wpada w tarapaty po napaści na oficera Tytanów, zdarzeniu, które zbiega się z atakiem prowadzonym przez byłego asa Zeona, Chara Aznable'a, znanego obecnie jako pilot AEUG Quattro Bajeena. Kiedy Kamille kradnie prototyp Gundama Tytana, wkrótce znajduje się w samym środku niebezpiecznego konfliktu.

W roku Universal Century 0079, ludzkość żyje w kosmicznych koloniach nazwanych Sides. Side 3, Księstwo Zeonu, wypowiedziało wojnę Federacji Ziemskiej. Po wybuchu wojny upłynęło 8 miesięcy, obie strony są w impasie. Jednak impas zostaje przerwany, kiedy Amuro Ray trafia na Gundama, sekretną broń Federacji Ziemskiej. Teraz Amuro i załoga White Base muszą stawić czoła Zeonowi, aby zakończyć wojnę.

Smoki, władcy nieba. Dla wielu osób na powierzchni są one groźnym zagrożeniem, ale jednocześnie cennym źródłem medycyny, oleju i żywności. Są tacy, którzy polują na smoki za pomocą ogromnych sterowców. To jest właśnie historia jednego z takich statków, "Quin Zaza" i jego załogi.

Jest Universal Century 0087, a roczna wojna między Federacją Ziemi a Księstwem Zeonu dobiegła końca. Federacja Ziemi utworzyła elitarną grupę zadaniową, znaną jako Tytani, która jest odpowiedzialna za polowanie na pozostałe siły Zeona. Jednak żądni władzy Tytani nie okazali się lepsi od Zeona, co doprowadziło do powstania buntowniczej frakcji zwanej Anti-Earth Union Group (AEUG). 17-letnia Kamille Bidan mieszka w kolonii Green Noa, w której znajduje się baza Tytanów. Kamille wpada w tarapaty po napaści na oficera Tytanów, zdarzeniu, które zbiega się z atakiem prowadzonym przez byłego asa Zeona, Chara Aznable'a, znanego obecnie jako pilot AEUG Quattro Bajeena. Kiedy Kamille kradnie prototyp Gundama Tytana, wkrótce znajduje się w samym środku niebezpiecznego konfliktu.

Tytułowe Black Lagoon to nazwa grupy podejmującej sie zadań z pogranicza prawa. Poznajemy ich w trakcie wykonywania pewnego zlecenia, wskutek którego dołącza do nich jeden z bohaterów. Ta grupa to coś więcej niż zwykli przemytnicy, czy zbiry do wynajęcia. Ich działania nie zawsze zgodne z prawem, często narażające ich na ryzyko śmierci, niekoniecznie prowadzą jedynie do zysku za wszelką cenę.

Życie genialnego neurochirurga mieszkającego w Niemczech staje na głowie po spotkaniu z byłym pacjentem, który okazuje się psychopatą.