Iron Man to historia miliardera i genialnego wynalazcy Tony'ego Starka, który po śmierci ojca staje się prezesem firmy Stark Industries - głównego dostawcy broni dla rządu USA. Pewnego dnia Stark zostaje porwany przez tajemniczego Mandaryna, który przetrzymuje młodego naukowca i zmusza go do zbudowania niezniszczalnej broni. Stark wykorzystuje swój intelekt, konstruuje zbroję, która zapewni mu nadludzką siłę i ochroni przed atakami wrogów. Wyposażony w niepokonaną broń jako Iron Man, Obrońca Dobra, walczy z Mandarynem w obronie dobra.

Serial opowiada o przygodach dziewiętnastoletniego Petera Parkera, który działa również jako Spider-Man. Historia zaczyna się, kiedy bohater posiada już swoje moce oraz pracuje na pół etatu jako fotograf w redakcji Daily Bugle w Nowym Jorku. Animacja przedstawia klasycznych wrogów Człowieka-Pająka, jak m.in.: Chameleon, Dr Octopus, Green Goblin, Hobgoblin, Hydro-Man, Lizard, Rhino, Scorpion, Shocker, Venom.

Serial skupia się na zbrodni, zazwyczaj będącą przeróbką aktualnych wiadomości i dzieli się na dwie oddzielne części. Pierwsza część opowiada o śledztwie dotyczącym przestępstwa i prowadzonym przez policję. Natomiast druga część mówi o dochodzeniu w sprawie zbrodni w sądzie.