Dr Cornelius, szympans-naukowiec, który niegdyś pomógł komandorowi Taylorowi i jego rozbitkom, wraz z ukochaną, szympansicą dr Zirą odnajdują szczątki dwóch ludzkich statków kosmicznych, które w rozbiły się na planecie małp. Budują z nich pojazd, który przenosi ich do współczesnego Los Angeles. Pasażerowie statku kosmicznego trafiają do zoo, ale szybko okazuje się, że Cornelius i Zira nie są zwykłymi małpami. Na podstawie opowieści Corneliusa ludzie poznają swoją przyszłość - nadchodzącą wojnę atomową i przejęcie władzy nad światem przez małpy.

W niedalekiej przyszłości, udomowione małpy zastąpiły zwierzęta domowe i osobistą służbę. Wszystko zmienia się z chwilą, w której na skutek złego traktowania jeden z wysoko rozwiniętych człekokształtnych (Roddy McDowall) wszczyna bunt mogący na zawsze odmienić role ludzi i małp!

W spektakularnym, ostatnim rozdziale legendarnej sagi o Planecie Małp pokojowa koegzystencja istot idyllicznej społeczności zostaje zagrożona przez waleczne goryle i plemię ludzi mutantów, którzy popadają w konflikt z życzliwym przywódcą (Roddy McDowall). Zobacz niezapomniane starcie ludzi i małp w wybuchowym, apokaliptycznym finale!

Druga odsłona sagi o Planecie Małp zaczyna się dokładnie w momencie zakończenia jej części pierwszej. Taylor wraz z Novą przemierzają terytorium "zakazanej strefy". W tym samym czasie kolejny astronauta - Brent, rozbija się na powierzchni planety. Mężczyzna spotyka jadącą samotnie konno Novę. Dociera z nią do Miasta Małp, gdzie od Corneliusa i Ziry dowiaduje się o Taylorze. Ruszając jego śladem trafia do tytułowych podziemi Planety Małp, gdzie wciąż żyje ocalała z atomowego ognia garstka ludzi. Tymczasem wojownicze goryle ruszają z potężną armią do "zakazanej strefy", przeciwko tejże resztce ludzkości. Krwawa konfrontacja jest nieunikniona.