Wychowany przez tajemniczego maga po tragicznej śmierci rodziców, Shiro Emiya postanawia pomagać innym ludziom korzystając z całej, jakkolwiek małej, wiedzy magicznej jaką nabył od swojego adoptowanego ojca. Kiedy jednak chłopak przypadkiem ląduje w centrum potyczki pomiędzy dwoma potężnymi magami, jakimś cudem używa on zaklęcia, które sporo wykracza poza jego kompetencje, przyzywając tym samym piękną wojowniczkę Saber, aby ocaliła mu skórę. Chwila wytchnienia jaką dzięki temu uzyskuje jest jednak tylko pozorem. Shiro i Saber zostają wrzuceni w sekretny świat czarnej magii oraz morderczych wyzwań: wielką bitwę na śmierć i życie, gdzie wszystkie chwyty są dozwolone, zwaną Wojną o Święty Graal. Nagrodą za zwycięstwo jest niewyobrażalna moc. Jednak czy tak niedoświadczony mag jak Shiro będzie w stanie przetrwać wystarczająco długo, by mieć choć małe szanse na zwycięstwo?

Fate/Zero to prequel serii Fate/Stay Night, znanej chyba wszystkim miłośnikom klimatów magii. Motywem przewodnim historii jest wojna magów o świętego Graala, który według legendy spełni jedno życzenie zwycięzcy. Walka toczy się między siedmioma pretendentami o zróżnicowanej osobowości i sile, co wcale nie przekreśla szans najsłabszego. Od początku głównymi bohaterami zdają się być Emiya Kiritsugu i Kotomine Kirei – mężczyźni twardzi, bezwzględni i podstępni. Jako że mówimy o magii, nie może zabraknąć paranormalnych stworzeń, jednak tutaj ich rolę pełnią znani z mitologii i historii wyjątkowi bohaterowie, tacy jak Aleksander Macedoński czy król Artur. Ich zadaniem jest wspieranie swego mistrza. Każdy z nich posiada umiejętności w innej dziedzinie walki oraz specjalną zdolność zwaną „szlachetnym widmem”, którą można nazwać bronią ostateczną.