"W Imię Ojca" opowiada o przeżyciach Gerry'ego Conlona, który dorastał we wstrząsanym zamachami terrorystycznymi Belfaście początku lat 70-tych. Conlon (Daniel Day-Lewis) był drobnym złodziejaszkiem, który ku niezadowoleniu swego ojca Giuseppe (Pete Postlethwaite) większość czasu spędzał w okolicznych barach. Gdy Gerry popadł w konflikt z IRA, ojciec wysłał go do Anglii, gdzie chłopak został niesłusznie oskarżony o udział w zamachu bombowym, w którym zginęło wielu niewinnych ludzi. Sąd skazał go na dożywocie, a wraz z nim aresztowano i uwięziono także jego ojca. W więzieniu Gerry zdał sobie sprawę, że Giuseppe pod maską słabości ukrywał wewnętrzną siłę i głęboką mądrość życiową. Minęło wiele lat, zanim dzięki wysiłkom energicznej pani mecenas (Emma Thompson) Gerry, zdołał udowodnić swą niewinność, oczyścić imię ojca i ujawnić światu prawdę o jednej z największych pomyłek w historii brytyjskiego wymiaru sprawiedliwości.

Początek lat sześćdziesiątych. Pięciu młodych angielskich muzyków przyjeżdża do Hamburga. Grupę o nazwie The Beatles tworzą: John Lennon, Paul McCartney, George Harrison, Pete Best oraz najlepszy przyjaciel Johna - Stuart Sutcliffe. Chłopcy występują w klubach przy ulicy Reeperbahn i szybko zyskują opinię zdolnego, pełnego energii zespołu. Niebawem Stuart poznaje młodą fotografkę Astrid Kirchherr. Para coraz bardziej zbliża się do siebie, czego John nie potrafi zaakceptować. Stuart staje przed trudnym wyborem.