Los galaktyki spoczywa w rękach dwóch rywali. Jednym z nich jest James Kirk, przestępca, szukający wrażeń chłopak ze wsi w stanie Iowa. Drugi z nich- Spock wychowywał się w tradycji vulkańskiej opartej na logicznym rozumowaniu i odrzucającej emocje. Gdy ognisty temperament ściera się ze zdrowym rozsądkiem, ich współpraca wydaje się niemożliwa. Jednak to połączenie charakterów to jedyne co pozwoli poprowadzić ich załogę przez niewyobrażalne niebezpieczeństwo i udać się tam, gdzie nikt inny nie miał odwagi.

Oskarżony o terrorystyczny zamach bombowy na Kreml, agent IMF Ethan Hunt (Tom Cruise) wraz z resztą zespołu zostaje zwolniony z obowiązków w chwili, kiedy prezydent wdraża "Ghost Protocol". Pozostawiony bez środków i wsparcia, Ethan musi znaleźć sposób na oczyszczenie dobrego imienia agencji oraz uniemożliwienie kolejnego ataku. Sprawę komplikuje fakt, iż Ethan zostaje zmuszony do podjęcia się misji wraz z zespołem byłych agentów IMF, których osobistych motywów do końca nie poznał.