Serial opowiada o nietypowej parze agentów FBI. Fox Mulder (David Duchovny) i Dana Scully (Gillian Anderson) prowadzą tytułowe Archiwum X, komórkę Federalnego Biura Śledczego, do której trafiają wszystkie sprawy nie dające się wyjaśnić na drodze konwencjonalnego rozumowania. Mulder głęboko wierzy w istnienie istot pozaziemskich i innych niewytłumaczalnych zjawisk, będących przedmiotami ich śledztw. Praca w Archiwum X jest dla niego próbą wyjaśnienia zagadki zaginięcia swojej siostry, która – jak twierdzi Mulder – została porwana przez obcych. Scully natomiast, jako naukowiec, jest bardzo sceptycznie nastawiona do wszelkich badanych przez nich spraw, choć w toku wydarzeń sama także zaczyna wierzyć w paranormalne zjawiska. Z czasem do Muldera i Scully dołączają agenci John Doggett (Robert Patrick) i Monica Reyes (Annabeth Gish), tworząc drugi duet pracowników Archiwum X.

Niedaleka przyszłość, ludzie opanowali morza i oceany Ziemi. Większość życia toczy się pod wodą. Porządku pilnuje załoga SeaQuestu, najnowocześniejszej łodzi podwodnej. Bohaterowie to żołnierze, którzy wraz z naukowcami opływają kulę ziemską starając się pilnować ładu i porządku. W przyszłości rządy to wielkie korporacje, które starają się opanować ziemie. Toczą walkę z przestępczością w wodzie. Choć i zdarzają się również misje w przyszłości, jak i na odległych planetach.