Dwudziesty piąty film z Godzillą oraz trzeci i zarazem ostatni film z serii "Aletrnatywna Rzeczywistość". Godzilla zaatakowała Japonię po raz pierwszy około 50 lat temu. Od tej pory słuch o niej zaginął. Jednak z całego świata dochodzą niepokojące raporty, mogące oznaczać powrót Godzilli. Niespodziewanie, na niebie pojawia się wielki szerszeń. Następnie z głębin pewnego jeziora wynurza się wielka gąsiennica. Na dodatek, w podziemnej grocie naukowcy odkrywają zagrzebanego w lodzie trójgłowego smoka. Czy którykolwiek z tych potworów to Godzilla? Co zaczyna się dziać na świecie? Gdzieś, na morzu pojawia się jeszcze jeden potwór - liczący sobie miliony lat dinozaur. Gdzieś, na lądzie, żyje starzec, który przepowiedział to, co ma się stać. Czy jednak ludzkość znajdzie go na tyle szybko, żeby jeszcze raz uratować się przed ostateczną zagładą?

Akcja filmu wybiega jakieś 300 lat w przyszłość od czasów dzisiejszych. W wyniku genetycznych eksperymentów Ziemia uległa drastycznym przemianom, świat opanowały drzewa, a gatunek ludzki funkcjonuje na uboczu. Pewnego dnia Agito spotyka Toolę - dziewczynę z przeszłości, która ma zadanie odbudować cywlizację.