Max Guevara w dzieciństwie została zmutowana genetycznie i teraz jest nadnaturalnie silną, inteligentną, sprytną, młodą i niezwykle piękną kobietą. Wydostaje się z laboratorium, w którym była "hodowana" na doskonałego żołnierza. Jednakże jej wspomnienia są bardzo wybiórcze i niewiele pamięta ze swojej przeszłości. Spotyka Logana Cale'a, który w zamian za współpracę w walce z przestępczością, obiecuje pomóc zapełnić białe plamy w jej historii.

Po powrocie pułkownika O’Neilla z misji na Abydos, Gwiezdne wrota zostały wyłączone i przechowywane były w bazie Cheyenne. Rok później Wrota aktywowały się i wyszła z nich grupa obcych zwanych Goa’uldami, która napadła na bazę. Jej dowódca, gen. Hammond poprosił pułkownika O’Neilla o powrót do służby i pomoc w poprowadzeniu kolejnej misji na Abydos. Na miejscu ekipa z Ziemi spotkała doktora Jacksona, który został na planecie po pierwszej wyprawie. Odkrył on, że w galaktyce istnieje cała sieć Gwiezdnych wrót. Oznaczało to, że skoro obcy nie przyszli z Abydos mogli wrócić na którykolwiek z tysięcy adresów. Kolejny atak obcych, tym razem na mieszkańców Abydos umożliwił Ziemianom odnalezienie i uratowanie porwanych.

Przebywając w peruwiańskiej dżungli, James Ellison rozwija wszystkie pięć zmysłów. Po powrocie do USA wykorzystuje swój dar, pracując jako policjant.

Serial opowiada o nietypowej parze agentów FBI. Fox Mulder (David Duchovny) i Dana Scully (Gillian Anderson) prowadzą tytułowe Archiwum X, komórkę Federalnego Biura Śledczego, do której trafiają wszystkie sprawy nie dające się wyjaśnić na drodze konwencjonalnego rozumowania. Mulder głęboko wierzy w istnienie istot pozaziemskich i innych niewytłumaczalnych zjawisk, będących przedmiotami ich śledztw. Praca w Archiwum X jest dla niego próbą wyjaśnienia zagadki zaginięcia swojej siostry, która – jak twierdzi Mulder – została porwana przez obcych. Scully natomiast, jako naukowiec, jest bardzo sceptycznie nastawiona do wszelkich badanych przez nich spraw, choć w toku wydarzeń sama także zaczyna wierzyć w paranormalne zjawiska. Z czasem do Muldera i Scully dołączają agenci John Doggett (Robert Patrick) i Monica Reyes (Annabeth Gish), tworząc drugi duet pracowników Archiwum X.

Serial ten to prowokująca telewizyjna antologia, wielokrotnie uhonorowana nagrodami Emmy. Podobnie jak w przypadku klasycznego już serialu z lat. 60.tych, pod tym samym tytułem, każdy odcinek jest celebracją ludzkiej wyobraźni, badań nad przekraczaniem nowych granic z zakresu technologii, kosmosu i ludzkich doświadczeń, które ujawniają nasze największe nadzieje i największe obawy. Historie, podejmowane w serialu rozwijają konsekwencje kontrowersyjnych i prowokujących tematów takich jak manipulacja genetyczna, wizyty Obcych na Ziemi, oraz kwestię życia po śmierci.