Godzilla wpada do krateru Mihara. Jakiś czas później w bliskowchodnim kraju, Sarazji w laboratorium instytutu inżynierii genetycznej wybucha bomba. W tej eksplozji ginie Erika - jedyna córka znanego japońskiego naukowca, dr Shiragami - przechowywane zaś w tym laboratorium komórki ciała Godzilli ulegają zniszczeniu. Po pięciu latach od tych dramatycznych wypadków górą Mihara na wyspie Oshima wstrząsają kolejne wybuchy. Godzilla powraca. Na zlecenie rządu grupa naukowców próbuje stworzyć nieznaną dotychczas, straszliwą broń biologiczną przeciwko potworowi, będącą połączeniem komórek Godzilli oraz komórek róży (ulubionych kwiatów Eriki). Nieco później Biollante pokazuje się w wielkim jeziorze. Okazuje się, że Erika wniknęła w jego ciało.

Pewnej nocy dwoje staruszków znajduję w lesie dziewczynkę w złotej kołysce, trzymającą w rękach tajemniczą, kryształową kulę. Postanawiają zaopiekować się dzieckiem, które niezwykle szybko zmienia się w prześliczną dziewczynę. Trzech młodzieńców ubiega się o rękę Kaji i pragnie spełnić stawiane przez nią zadania. Niespodziewanie Kaja otrzymuje wezwanie ze swojego prawdziwego domu... z Kosmosu. Czy będzie mogła zostać z ludźmi, którzy ją kochają?

Chihiro jest kapryśną, upartą dziesięcioletnią dziewczynką, która uważa, że cały świat powinien spełniać jej zachcianki. Gdy rodzice oznajmiają jej, że trzeba będzie wyprowadzić się z domu, Chihiro jest z tego powodu zła i nie myśli tego ukrywać. Zabrnąwszy w tajemniczą ślepą uliczkę, rodzina staje nagle przed ogromnym czerwonym domem, do którego wnętrza prowadzi niekończący się tunel, rozwarty jak ogromne usta. Wkrótce okazuje się, że Chihiro i jej rodzice wtargnęli do świata zamieszkanego przez starożytnych bogów i magiczne stworzenia, świata, którym rządzi demoniczna czarownica, okrutna Yubaba.

Szesnasty film o Godzilli i zarazem pierwszy film serii "Heisei". Film nawiązuje do tradycyjnych filmów o Godzilli - działania ludzi z bronią jądrową budzą potwora i prowokują go do ataku na Tokio. Jako tło do zniszczeń czynionych przez Godzillę zobaczymy walkę mocarstw z czasów Zimnej Wojny. Tym razem Japonii grozi nie tylko Godzilla, ale i komunistyczna Rosja.