W roku 2149, walka przeciwko Festum osiągnęła zupełnie nową fazę. Festum nie tylko zrozumieli uczucia ludzi, ale także nauczyli się ich taktyk wojennych. Wypełnione emocjami fragmenty zniszczonego Miru z bieguna północnego, rozproszyły się po całym świecie i zaczęły działać na własną rękę co wywołało rozłam wśród obcych. Część odłamków wypełniona przez gniew i nienawiść, rozpoczęła ofensywę przeciwko ludzkości. Inne zdecydowały się na współistnienie w jednym świecie. Jednak koegzystencja ludzkości i Festum to koncepcja nie dla wszystkich możliwa do zaakceptowania. Wielu ludzi nadal pragnie całkowitego unicestwienia obcych i nie zawaha się zaatakować ludzkiego gatunku w imię własnej sprawiedliwości.

Tatsumiyajima to zwyczajna wyspa, na której zwyczajni ludzie prowadzą swoje zwyczajne życie. Dzieciaki chodzą do zwyczajnej szkoły, wiedząc, że nic nie zakłóci ich zwyczajnego życia. Tak przynajmniej ich uczono, ale prawda okazała się zupełnie inna. W rzeczywistości ludzkość stoi na skraju zagłady wywołanej przez Festum, tajemniczego i niepokonanego wroga z innego świata. Sama wyspa okazuje się ogromną, zaawansowaną technicznie i ukrytą przed resztą świata fortecą, która jest ośrodkiem testowym Fafnerów - zaawansowanych mechów bojowych, będących ostatnią nadzieją na przetrwanie ludzkości. Z tego powodu, Tatsumiyajima jest głównym celem zarówno dla wroga jak i dla ludzi z kontynentu, którzy pragną wykorzystać ukrytą technologie dla własnych celów.