Na początku XXI wieku wybucha wojna światowa z powodu technologii podróży międzyplanetarnych. Środowisko naturalne zostało zniszczone, dlatego ludzie opuszczają Ziemię i zaczyna się Gwiezdny Kalendarz 00. Rozrywka oraz piosenki są mocno ograniczone przepisami i w końcu zostają zakazane w związku z ich wpływem na ludzi. Jednak odważna grupa daje przedstawienia w ramach partyzanckiej wojny w imię sławnego zespołu z wcześniejszych czasów, który śpiewał o gorzkim końcu Ziemi – AKB48. Nazwa nielegalnej grupy to… AKB0048.

Główny Szpital Mochizuki skrywa pewną tajemnicę. Część jego pracowników wraz z uczniami lokalnej szkoły tworzy organizację znaną jako Black Label. Grupa ta staje w obronie prawa i porządku wszędzie tam, gdzie odpowiedzialne za to organy nie są w stanie. Triage X skupia się na przygodach Mikami Arashiego – licealisty należącego do Black Label.

Sześć lat po tragicznych wydarzeniach z Chaos;Head w dzielnicy Shibuya dochodzi do przerażających mordów. Wszystko wskazuje na to, że związane są one z przeszłością, przypominają bowiem zabójstwa, do których doszło w czasie masowej paniki, jaka ogarnęła mieszkańców miasta sześć lat temu. Ich zagadkę spróbuje rozwikłać Takuru Miyashino, przewodniczący szkolnego klubu dziennikarskiego. Pomogą mu w tym m.in. jego przybrana siostra, Nono Kurusu, oraz przyjaciółka z dzieciństwa, Serika Onoe.

Na jałowej granicy, gdzie ludzie wymieniają się towarami, aby pomóc sobie w przetrwaniu. Eskadra Kotobuki to ochroniarze do wynajęcia, prowadzeni przez surowego, ale pięknego dowódcę eskadry, nierzetelnego lidera i prawdziwego rzemieślnika szefa załogi. Wraz z pilotami, którym nie brakuje osobowości, wzbijają się w powietrze w walkach powietrznych, pozwalając, aby hałas silnika ich myśliwców Hayabusa rozbrzmiewał na niebie.

Historia o dziewczynach z Klubu Mangi — Ai, Mai, Mii oraz Ponoce-senpai — które potrafią odpierać ataki złych najeźdźców z kosmosu, bez strachu stawiać czoła przeciwnikom w przeróżnych turniejach oraz radzić sobie z innymi absurdalnymi sytuacjami w czasie, kiedy akurat nie zajmują się rysowaniem kolejnej mangi.