Na początku XXI wieku wybucha wojna światowa z powodu technologii podróży międzyplanetarnych. Środowisko naturalne zostało zniszczone, dlatego ludzie opuszczają Ziemię i zaczyna się Gwiezdny Kalendarz 00. Rozrywka oraz piosenki są mocno ograniczone przepisami i w końcu zostają zakazane w związku z ich wpływem na ludzi. Jednak odważna grupa daje przedstawienia w ramach partyzanckiej wojny w imię sławnego zespołu z wcześniejszych czasów, który śpiewał o gorzkim końcu Ziemi – AKB48. Nazwa nielegalnej grupy to… AKB0048.

Główny Szpital Mochizuki skrywa pewną tajemnicę. Część jego pracowników wraz z uczniami lokalnej szkoły tworzy organizację znaną jako Black Label. Grupa ta staje w obronie prawa i porządku wszędzie tam, gdzie odpowiedzialne za to organy nie są w stanie. Triage X skupia się na przygodach Mikami Arashiego – licealisty należącego do Black Label.

Chitose Karasuma jest studentką, która chce zostać profesjonalną aktorką głosową. Droga do kariery seiyuu-idolki nie jest prosta, o czym nieraz będzie musiała się przekonać. Anime skupia się na historii jej oraz czterech innych młodych kobiet pracujących w tym zawodzie.

Akcja rozgrywa się pięć lat po tajemniczej katastrofie związanej z nagłym zniknięciem miasta. Grupa dziewcząt zafascynowanych „Theatrical Material System” za pomocą hologramów 3D ma na celu rozjaśnienie sceny podczas odbudowy postapokaliptycznego miasta.