„Suzume” to opowieść o dojrzewaniu 17-letniej głównej bohaterki. Animacja rozgrywa się w różnych dotkniętych katastrofą miejscach w całej Japonii. Podróż Suzume rozpoczyna się w spokojnym miasteczku w Kyushu (południowo-zachodnia Japonia), kiedy spotyka chłopaka, który szuka tajemniczych drzwi. Suzume znajduje je zniszczone pośród ruin, jakby były osłonięte przed jakąkolwiek katastrofą. Suzume zdaje się być przyciągana przez ich moc i sięga aby je otworzyć… Drzwi zaczynają otwierać kolejne drzwi w całej Japonii, siejąc zniszczenie. Suzume musi zamknąć te portale, aby zapobiec dalszej katastrofie.

Amatorska grupa filmowa zostaje wplątana w konflikt między gangami podległymi bezlitosnej japońskiej yakuzie.