Historia opowiada o Nagomu — mężczyźnie, który opuścił swój dom w Kyoto i rodzinną cukiernię, kiedy został muzykiem. Słysząc jednak, że jego ojciec został hospitalizowany, wraca do domu, aby przejąć rodzinny biznes. Jednak kiedy go nie było, młoda dziewczyna o imieniu Itsuka zaczęła pracować w sklepie. Miejsce pobytu rodziców Itsuki nie jest znane, nie ma ona także innych krewnych i Nagomu odnajduje się jako zastępczy rodzic dziewczynki. Z drugiej strony Itsuka widocznie nie lubi Nagomu za porzucenie rodziny dla zostania muzykiem. Oświadcza, że to ona, zamiast Nagomu, odziedziczy sklep.

Mushi - stworzenia, które mogą żyć wszędzie, jednak nie są podobne do żadnych innych organizmów. Łączy je z nami jedynie to, iż żyją. Niektóre są nieszkodliwe dla ludzi, inne pasożytują na nich. Większość osób nie zdaje sobie nawet sprawy z ich istnienia, gdyż nie są w stanie ich zobaczyć, inni boją się ich niczym demonów, pozostali, którzy są w stanie je zobaczyć, chronią ludzi przed ich działaniem, a nazywają się oni mushishi. Do ostatniej z grup należy bohater anime - Ginko, zajmuje się badaniem mushi oraz pomaga ludziom radzić sobie z problemami, których przysparzają. Bohater nie jest jednak normalnym Mushishi, gdyż swoją obecnością przyciąga mushi, przez co nie może pozostać na dłużej w jednym miejscu.