Królestwo Seatopii wysyła na powierzchnię Ziemi Megalona i Gigana, by zniszczyli ludzkość. Godzilla przy pomocy skonstruowanego przez naukowców robota podejmuje walkę z agresorami.

Księżniczka Selina jako jedyna ocalała z katastrofy samolotu. Uznana za zmarłą, niespodziewanie dociera do Japonii, gdzie opiekę nad nią powierzono detektywowi Shindo. Księżniczka twierdzi, że pochodzi z Marsa, którego cywilizacja została zniszczona przez potwora Ghidorah. Tymczasem profesor Murai i jego ekipa badają olbrzymi meteor, który niedawno spadł na ziemię. Meteor okazuje się być jajem, z którego wykluwa się trójgłowy Ghidorah. Przeciw niemu stają w walce Godzilla, Mothra i Rodan. Księżniczka Selina też nie jest bezpieczna...

Piętnasty film o Godzilli, bezpośrednia kontynuacja filmu "Godzilla kontra Mechagodzilla" i zarazem ostatnia część tzw. "Oryginalnej Serii". Kosmici po raz kolejny ingerują w sprawy Ziemi. Tym razem sprzymierzają się z naukowcem, odrzuconym przez środowisko i opinię publiczną za swoje radykalne poglądy, dotyczące telepatycznej kontroli nad zwierzętami oraz zbyt głośne rozgłaszanie znalezienia ogromnego, podwodnego dinozaura - Tytanozaura. Kosmici i naukowiec wydobywają Mechagodzillę z dna oceanu i naprawiają robota. Kolejnym ich krokiem jest zniszczenie Tokio; tu na scenę wkracza Godzilla, która stoczy walkę z meczanicznym jaszczurem i Tytanozarem, który w tajemniczy sposób powrócił do życia...