Dzieciak ze szkoły podstawowej nazwany „shounen bat” lub „lil slugger” krążył wokół ludzi ze swoim zgiętym, złotym kijem. Teraz dwóch detektywów prowadzi dochodzenie, aby powstrzymać tego dzieciaka przed atakami, ale wkrótce dowiedzą się, że ta sprawa to znacznie więcej, niż się spodziewali.

Jun'ichi Asakura potrafi widzieć sny innych ludzi. Mieszka wraz z siostrą w małym mieście na wyspie, gdzie rośnie olbrzymia wiśnia, która nie jest takim zwyczajnym drzewem. Chodzą słuchy, że kto wypowie życzenie stojąc pod jej starym pniem, temu zostanie ono spełnione.

Głównym bohaterem jest młody wynalazca Okabe Rintarou, który przerobił swoje mieszkanie na amatorskie laboratorium. Wraz z Darou, świetnie znającym się na komputerach i słodką Mayushi, pełniącą głównie rolę maskotki, projektują tam mniej lub bardziej użyteczne gadżety. Akcja anime rozpoczyna się, gdy Okabe kończy pracę nad swoim najnowszym wynalazkiem – „Futurystycznym Gadżetem nr 8”. Niestety okazuje się, iż wynalazek wciąż nie działa tak, jak powinien, i eksperyment z jego użyciem nie przynosi spodziewanych efektów. Przypadek sprawia jednak, że poprzez „Futurystyczny Gadżet” Okabe wysyła w przeszłość SMS zmieniając w ten sposób strukturę rzeczywistości i zapobiegając śmierci pewnej osoby. Dalsze badania nad wynalazkiem przynoszą niespodziewane rezultaty, drużyna powiększa się, a na trop naszych bohaterów wpada niebezpieczna, światowa organizacja badawcza SERN.

Historia przedstawia alternatywne zakończenie Steins;Gate. W tym świecie Okabe po nieudanej próbie uratowania Kurisu całkowicie pogrążył się w depresji, porzucił swoje alter ego i za wszelką cenę próbuje zapomnieć o tragicznej przeszłości. Z jego stanu wyrywa go znajomy Kurisu, który zdradza mu, że rozpoczęto pracę nad maszyną pozwalającą na przechowanie ludzkich wspomnień, a następnie odtworzenie na ich podstawie zachowań i osobowości w formie symulacji. Okabe używa tego wynalazku, żeby „przywrócić do życia” Kurisu. Niestety, ponowne igranie z czasem i ludzkim życiem doprowadza do następnych, coraz gorszych tragedii.

W równoległym wszechświecie po nowoczesnej Akihabarze grasują monstra zwane "Bugged Ones", które żywią się ludzką energią i chęcią do życia. Jedyna możliwość, aby zdemaskować i pokonać owe potwory, to wystawić je na działanie promieniowania UV, zdzierając z nich ubrania do gołej skóry. Nasi bohaterowie będą walczyć o ukochaną tokijską dzielnicę w imieniu wszystkich jej bywalców.