Kotarou Tennouji mieszka w Kazamatsuri, niezwykłym mieście, gdzie miejska nowoczesność spotyka się z leśną, dziewiczą zielenią, wywołującą nostalgię i nastrój tajemniczości. Licealista okazuje się nie mniej niezwykły – dysponuje mocą (tytułowym "rewrite") pozwalającą mu rekonstruować własne ciało, uzyskując przy tym nadnaturalne zdolności. Jednak na co dzień uczęszcza do szkoły jak zwykły uczeń i angażuje się w działalność Klubu Okultystycznego, złożonego głównie z dziewcząt. Czy przyjaciółki Koutarou mogą skrywać jakieś sekrety? Na czym tak naprawdę opiera się świat? I jaka jest w tym wszystkim rola tajemniczej Kagari?

Riki jest dzieckiem, które straciło swoich rodziców. Po ich utracie popadł w głęboką depresję, z której wyciągnęła go czwórka dzieciaków, nazywających się "Little Busters". Grupa ta zawsze bawiła się z chłopcem, gdy czuł się samotny, odganiając jego smutki, a jego depresja powoli zaczęła zanikać. Obecnie grupka przyjaciół jest już w szkole średniej, gdzie wspólnie cieszą się kolejnymi dniami spędzonymi razem. Otaczający ich świat zdaje się jednak skrywać pewną tajemnicę.

Głównym bohaterem anime jest Kasugano Haruka. Historia rozpoczyna się w momencie jego przeprowadzki do miasteczka, w którym dawniej mieszkał wraz ze swoją siostrą bliźniaczką - Sorą. Ich rodzice niedawno zmarli w tragicznym wypadku i pozostawili dzieci samym sobie. Ma to bardzo duży wpływ na rozwój relacji pomiędzy rodzeństwem, będących w zasadzie tematem przewodnim tego tytułu. W ramach postępu fabuły nasz protagonista poznaje kilka nowych dziewcząt. Nie obędzie się również bez przyjaciółek z dzieciństwa. Fabuła anime przedstawia nam różne ścieżki z gry - zobaczymy więc każdą z bohaterek w roli ukochanej Haruki. Na jedną historię poświęcone jest około 2,5 odcinka, a tłem we wszystkich wątkach jest postać Sory, która nie odstępuje swojego brata na krok.

Akademia Mihama to z pozoru zamknięta placówka edukacyjna, która powstała by wychowywać uczniów nie potrafiących znaleźć dla siebie miejsca w świecie, tak naprawdę zaś jest ona niczym ogród i więzienie w jednym, zbudowane by przechowywać jabłka, które spadły zbyt daleko od jabłoni. Jakiekolwiek jednak cele przyświecały założeniu tejże szkoły, póki co służy ona za dom dla piątki dziewcząt – każda z nich ma natomiast swoje powody, dla których się tutaj przeniosła. W zależności od tego jak na to spojrzeć, czy traktując to za wadę, czy zaletę, bohaterki prowadzą jałowe, acz spokojne i komfortowe życie za murami Mihamy. Ich z góry określony rytm dnia zostaje jednak zaburzony, gdy do szkoły przybywa pierwszy uczeń-chłopak – wręcz niedorzecznie trudny w zrozumieniu Yuuji Kazami. Czy okaże się on elementem, który dziewczyny potrzebowały, by ponownie wziąć się w garść i wreszcie zrobić coś ze swoim życiem? Czy może ich ciężka w udźwignięciu przeszłość okaże się dla nich przeszkodą nie do pokonania? No i kim właściwie jest Yuuji? Nie można bowiem odrzucić możliwości, iż to właśnie on niesie ze sobą najcięższe brzemię spośród wszystkich uczniów Akademii Mihama...