W roku Cosmic Era 0071 kosmiczna kolonia Heliopolis pozostaje neutralna w wielkiej wojnie szalejącej w całej galaktyce pomiędzy Koordynatorami, istotami ludzkimi, których cechy biologiczne zostały zmienione przed narodzinami, i Naturals, niezmienionymi ludźmi, którzy pozostają na planecie Ziemia. Głęboka nienawiść Naturals do Koordynatorów wypędziła zaawansowane istoty w kosmos, szukając schronienia w stworzonych przez człowieka koloniach. Kira Yamato jest koordynatorem i studentem uniwersytetu w Heliopolis, kiedy jego życie zostaje zniszczone, gdy ZAFT, organizacja wojskowa złożona z buntowniczych koordynatorów, atakuje kolonię, próbując ukraść zestaw pięciu najnowocześniejszych wojskowych kombinezonów bojowych znanych jako Gundamy.

Sai Akuto, nowy uczeń w Akademii Magii, od dziecka pragnął zostać Najwyższym Kapłanem, którego zadaniem jest dbanie o dobro ludzkości i ratowanie świata przed wszelkim złem. Sai, zmotywowany do osiągnięcia swojego życiowego celu, zawsze świecił przykładem, tym samym nikt, kto go zna, nie wątpiłby w to, że kiedyś uda mu się urzeczywistnić swoje marzenie. Jednakże jego plany mają być pokrzyżowane dość szybko, mianowicie już pierwszego dnia pobytu w nowej szkole. W owej akademii odbywa się bowiem swoisty test, podczas którego zawsze nieomylny, magiczny przyrząd zwany Yata Garasu przewiduje zawód nowo przybyłym adeptom sztuki magicznej. I właśnie w ten sposób rzeczony Yata Garasu, na oczach wszystkich zebranych, niszczy marzenie Saia, przedstawiając jego przyszłe zajęcie w dwóch upiornych słowach „Władca Demonów”. Ów władca jest bowiem uosobieniem zła, które raz na 1000 lat nawiedza imperium, siejąc spustoszenie.

Dnia 10 sierpnia roku 2010 a.t.b. (imperialny kalendarz, Ascension Throne Britannia czyli wstąpienie na tron Brytanii, który różni się od kalendarza Gergoriańskiego o 55 lat wstecz), Święte Imperium Brytyjskie zmiażdżyło siły wojskowe i podbiło Japonię w przeciągu niecałego miesiąca przy pomocy nowego typu broni, olbrzymich robotów zwanych Knightmare Frame. W wyniku tego Japonia straciła swoją niepodległość, swoje prawa i nawet swoją nazwę, zostając mianowana "Strefą 11" Imperium Brytyjskiego. Japończycy, przemianowani teraz na "Jedenastostrefowców", są zmuszeni do życia w ubóstwie, gdy w tym samym czasie osiedli tu Brytyjczycy żyją w luksusowych dzielnicach. Nic dziwnego, że powstają ruchy oporu, jednak nie mają one zbyt dużej siły przebicia. Code Geass: Lelouch of the Rebellion śledzi losy brytyjskiego studenta, Leloucha Lamperouge, który przypadkiem zostaje uwikłany w jedną z akcji terrorystycznych przeprowadzanych przez Japończyków przeciwko okupantowi. Zostaje schwytany przez siły Brytanii i ma zostać rozstrzelany za popieranie terrorystów. Życie ratuje mu tajemnicza dziewczyna, która obdarowuje go mocą Geass: Lelouch może wydać każdemu dowolny rozkaz i zostanie on bezwzględnie wykonany. Młody Lamperouge staje na czele japońskiego powstania przeciwko Imperium: okazuje się bowiem, że jego prawdziwe imię to Lelouch vi Britannia i jest 17-tym w kolejności sukcesji do tronu Brytanii. Wypędzony z rodzinnego kraju pragnie tylko jednego – zemsty na swoim ojcu, brytyjskim Imperatorze oraz stworzenia świata, w którym jego siostra Nunnally będzie mogła żyć szczęśliwie.

Wydarzenia rozgrywają się w alternatywnym świecie w XX wieku. Głównymi bohaterami są dwaj bracia - starszy Edward Elric i młodszy Alphonse Elric. Obaj pasjonują się alchemią, formą nauki, która wymaga dużej wiedzy i zdolności. Pewnego dnia ich matka Trisha umiera. Bracia nie mogąc pogodzić się z utratą bliskiej im osoby, postanawiają przywrócić ją do życia za pomocą alchemii. Łamią wiec tabu i przeprowadzają transmutację. Wyniki ich działań okazują się tragiczne. Alphonse traci swoje ciało, a Edward lewą nogę. Ostatkiem sił starszemu bratu udaje się poświęcić prawą rękę i wiąże duszę swojego brata ze starą zbroją. Od tego czasu głównym zadaniem Eda i Ala jest odnalezienie kamienia filozoficznego, zwiększającego możliwości alchemii i tym samym przywrócenie utraconych ciał.

Tomoya Okazaki to uczeń trzeciej klasy liceum, który jest rozżalony swoim życiem. Jego matka zginęła w wypadku samochodowym, gdy był jeszcze dzieckiem, co spowodowało, że jego ojciec zaczął sięgać po alkohol i papierosy. W efekcie między nimi dochodziło do częstych kłótni, aż w końcu w jednej z nich Tomoya doznał kontuzji ramienia. Od tamtej pory ma z ojcem chłodne stosunki, co z czasem skłoniło go do stania się chuliganem. Pewnego dnia, idąc do szkoły, spotyka dziwną dziewczynę o imieniu Nagisa Furukawa, która jest o rok starsza, ale powtarza rok ze względu na chorobę. Z tego powodu często jest sama, gdyż większość jej przyjaciół poszła już dalej. Dwójka zaczyna spędzać ze sobą czas i stopniowo, w miarę upływu czasu, Tomoya zauważa, że jego życie zmienia kierunek.

Po erze podboju kosmosu ludzkość utraciła zaawansowaną technologię i musiała wrócić na prawie wyniszczoną Ziemię. Pod wpływem impulsu religijnego postanowiono wrócić na poprzedni szczebel rozwoju cywilizacji poprzez powtórzenie całej historii od roku 10 000 przed Chrystusem. Cały proces miał się odbywać pokojowo, a każdy naród działał poprzez swojego reprezentanta. Niestety w trakcie odtwarzania 1413 roku wybuchła niezaplanowana wojna, która zniszczyła połowę zdatnych jeszcze do życia terenów Ziemi. Mieszkańcy zdewastowanych krain w odwecie przejęli kontrolę nad obwinianą za tę wojnę Japonią, a jej umieszczona na gigantycznym statku powietrznym stolica Musashi utraciła realną władzę.

Odrodzony jako żyjąca broń, mając wspomnienia o swoim poprzednim życiu, ale nie o własnym imieniu, magiczny miecz ratuje młodą dziewczyno-bestię z niewoli. Fran, dziewczyna o kocich uszach, zostaje jego właścicielką i chce tylko rosnąć w siłę, podczas gdy miecz chce wiedzieć, dlaczego się tu znalazł. Wspólna podróż tego dziwnego duetu dopiero się zaczyna!