Szkoła… Ilu z nas jest tam, bo chce… A ilu, bo musi? Jest to instytucja, która nie daje ludziom praktycznie żadnego wyboru, pchając tych lepszych ku górze, a gorszych spychając na samo dno. A jednak znalazł się człowiek, dla którego praca w szkole była marzeniem - tyle fajnych lasek! Ale marzenia rzadko się spełniają i zamiast trafić do klas maturalnych, nasz bohater został wychowawcą czternastolatków, którzy wysłali do szpitala już kilku nauczycieli. Eikichi Onizuka (22 lata, samotny, magister, były przywódca gangu motocyklowego) nie ma jednak zamiaru się poddać i zrobi wszystko, by szkoła stała się fajna.

Saya Otonashi, cierpiąca na anemię i amnezję, znajduje się pod opieką rodziny zastępczej i jest zwykłą uczennicą. Życie Sayi zostaje jednak zniszczone, gdy zostaje zaatakowana przez Chiropterana – nietoperzopodobną bestię żywiącą się ludzką krwią, dowiaduje się ona również, że tylko ona jest w stanie zabić te bestie. Saya, wyposażona w miecz wyrusza z rodziną, sojusznikami z organizacji Red Shield (Czerwona Tarcza) i Chevalier'em (kawalerzystą), Haji'm, w podróż po świecie, aby zniszczyć Chiropteran i odnaleźć swoją przeszłość.