Pięcioletni Sosuke mieszka wraz z mamą nad brzegiem morza. Pewnego dnia chłopiec znajduje na plaży butelkę z uwięzioną w niej złotą rybką. Sosuke ratuje ją i daje na imię Ponyo. Wkrótce okazuje się, że Ponyo nie jest taką sobie zwykłą rybką. To córka wielkiego maga i morskiej bogini. Pewnego dnia rybka przy pomocy magicznego zaklęcia zamienia się w małą dziewczynkę. Ona i Sosuke szybko stają się parą nierozłącznych przyjaciół. Niestety, ta magiczna transformacja narusza równowagę w przyrodzie. Ojciec-mag wysyła fale oceanu na poszukiwanie córki, Księżyc niebezpiecznie zbliża się do Ziemi. Dzieci odważnie próbują zapobiec katastrofie, a jednocześnie spełnić marzenia Ponyo o byciu człowiekiem.

Poznajmy rodzinę Yamadów: Takashi (głowa rodziny; typowy przedstawiciel klasy średniej), Matsuko (zwariowana pani domu, która nie do końca radzi sobie z prowadzeniem tegoż domu), Shige (babcia o niewyparzonym języku), Noboru (syn, który chciałby, żeby jego rodzice byli bardziej "cool"), Nonoko (córka, mała dziewczynka o dużym głosie) oraz Pochi (dość kłopotliwy piesek). Yamadowie mieszkają w Tokio i starają się dzielnie stawiać czoła problemom życia codziennego w wielkim mieście. Ranga tych problemów jest zróżnicowana, a chwile komiczne przeplatają się z dramatycznymi. Zacięta walka o telewizyjnego pilota, pierwszy telefon od dziewczyny Noboru, konfrontacja taty z groźnym motocyklowym gangiem..