Ludzie uciekli z Ziemi przed obcymi zwanymi Gauna, którzy zniszczyli ich planetę i ruszyli w pogoń za niedobitkami gatunku ludzkiego. Przeżyć udało się nielicznym uciekinierom na statku o nazwie Sidonia, który musiał im służyć wiekami jako forteca. Sidonia no Kishi opowiada o losach chłopaka wychowywanego przez dziadka na dolnych, opuszczonych pokładach statku, będącym jedną z ostatnich nadziei ludzkości. Pewnego dnia w poszukiwaniu jedzenia młodzieniec wybiera się na jeden z górnych pokładów, zostaje zauważony, gdy kradnie ryż i podczas ucieczki przez nieostrożność zostaje złapany. Po tym incydencie zostaje wśród ludzi w świecie, którego do końca nie zna, ale mimo to zaprzyjaźnia się z nimi i postanawia, że będą razem bronić statku i ludzi, których pokochał.

Ludzie uciekli z Ziemi przed obcymi zwanymi Gauna, którzy zniszczyli ich planetę i ruszyli w pogoń za niedobitkami gatunku ludzkiego. Przeżyć udało się nielicznym uciekinierom na statku o nazwie Sidonia, który musiał im służyć wiekami jako forteca. Sidonia no Kishi opowiada o losach chłopaka wychowywanego przez dziadka na dolnych, opuszczonych pokładach statku, będącym jedną z ostatnich nadziei ludzkości. Pewnego dnia w poszukiwaniu jedzenia młodzieniec wybiera się na jeden z górnych pokładów, zostaje zauważony, gdy kradnie ryż i podczas ucieczki przez nieostrożność zostaje złapany. Po tym incydencie zostaje wśród ludzi w świecie, którego do końca nie zna, ale mimo to zaprzyjaźnia się z nimi i postanawia, że będą razem bronić statku i ludzi, których pokochał.

Ludzie uciekli z Ziemi przed obcymi zwanymi Gauna, którzy zniszczyli ich planetę i ruszyli w pogoń za niedobitkami gatunku ludzkiego. Przeżyć udało się nielicznym uciekinierom na statku o nazwie Sidonia, który musiał im służyć wiekami jako forteca. Sidonia no Kishi opowiada o losach chłopaka wychowywanego przez dziadka na dolnych, opuszczonych pokładach statku, będącym jedną z ostatnich nadziei ludzkości. Pewnego dnia w poszukiwaniu jedzenia młodzieniec wybiera się na jeden z górnych pokładów, zostaje zauważony, gdy kradnie ryż i podczas ucieczki przez nieostrożność zostaje złapany. Po tym incydencie zostaje wśród ludzi w świecie, którego do końca nie zna, ale mimo to zaprzyjaźnia się z nimi i postanawia, że będą razem bronić statku i ludzi, których pokochał.

Tomoya Okazaki to uczeń trzeciej klasy liceum, który jest rozżalony swoim życiem. Jego matka zginęła w wypadku samochodowym, gdy był jeszcze dzieckiem, co spowodowało, że jego ojciec zaczął sięgać po alkohol i papierosy. W efekcie między nimi dochodziło do częstych kłótni, aż w końcu w jednej z nich Tomoya doznał kontuzji ramienia. Od tamtej pory ma z ojcem chłodne stosunki, co z czasem skłoniło go do stania się chuliganem. Pewnego dnia, idąc do szkoły, spotyka dziwną dziewczynę o imieniu Nagisa Furukawa, która jest o rok starsza, ale powtarza rok ze względu na chorobę. Z tego powodu często jest sama, gdyż większość jej przyjaciół poszła już dalej. Dwójka zaczyna spędzać ze sobą czas i stopniowo, w miarę upływu czasu, Tomoya zauważa, że jego życie zmienia kierunek.

Tomoya Okazaki to uczeń trzeciej klasy liceum, który jest rozżalony swoim życiem. Jego matka zginęła w wypadku samochodowym, gdy był jeszcze dzieckiem, co spowodowało, że jego ojciec zaczął sięgać po alkohol i papierosy. W efekcie między nimi dochodziło do częstych kłótni, aż w końcu w jednej z nich Tomoya doznał kontuzji ramienia. Od tamtej pory ma z ojcem chłodne stosunki, co z czasem skłoniło go do stania się chuliganem. Pewnego dnia, idąc do szkoły, spotyka dziwną dziewczynę o imieniu Nagisa Furukawa, która jest o rok starsza, ale powtarza rok ze względu na chorobę. Z tego powodu często jest sama, gdyż większość jej przyjaciół poszła już dalej. Dwójka zaczyna spędzać ze sobą czas i stopniowo, w miarę upływu czasu, Tomoya zauważa, że jego życie zmienia kierunek.

Kyon, nastolatek o sceptycznym i cynicznym usposobieniu, rozpoczyna naukę w szkole średniej. Trafia do klasy z Haruhi Suzumiyą – dziewczyną znaną ze swojej urody i wszechstronnych zdolności, jak również ekscentryczności i niechęci wobec innych. Ta na wstępie oświadcza nowym kolegom, że zajmuje się poszukiwaniem obcych, podróżników w czasie oraz esperów i nie jest zainteresowana normalnymi ludźmi. Mimo bycia jej przeciwieństwem wygląda na to, że Kyon jest jedyną osobą, z którą ma ona ochotę rozmawiać. Wkrótce, z powodu braku szkolnych klubów spełniających jej oczekiwania, Haruhi postanawia założyć Brygadę SOS, zajmującą się zjawiskami nadprzyrodzonymi.