Akcja anime rozgrywa się w erze Meiji, w której to ludzie wciąż pamiętają krwawe żniwo, jakie zebrała Bakumatsu – wojna domowa sprzed kilku lat. W czasie tej wojny zmianie uległ ustrój Japonii (z cesarstwa stała się republiką). W jej trakcie przeciwko szogunatowi walczył legendarny Hitokiri Battousai – rojalista, którego bali się nawet najlepsi Shinsengumi. Battousai zapisał się w historii Japonii jako ktoś, kto przy użyciu swej katany wprowadził kraj w nowe czasy. Jednak po zakończeniu konfliktu legendarny zabójca zniknął, rozpoczynając samotną wędrówkę, by choć w niewielkim stopniu odpokutować swoje winy.

Siły Kosmiczne poszukują rekrutów – wojna z Imperium Raalgon wisi na włosku. Młody obibok Tylor uznaje, że to całkiem dobry pomysł: pewna praca, zapewnione wyżywienie i zakwaterowanie, a w przyszłości przyzwoita emerytura… Podbudowany tymi myślami zgłasza się do punktu rekrutacyjnego. Tamtejszy urzędnik ma pewne wątpliwości, ulega jednak elokwencji naszego bohatera. A że jest to bohater niezwykły, może zaświadczyć choćby to, że umie w czasie wstępnych testów psychologicznych poderwać i doprowadzić do rozstroju nerwowego główny komputer centrali! Tylor rozpoczyna służbę w armii od ciepłej posadki w departamencie płac. Jednakże po brawurowej akcji odbicia zakładników z rąk terrorystów (to trzeba zobaczyć!) zostaje doceniony przez dowództwo: błyskawicznie awansuje na kapitana jednego z niszczycieli!

Mushi - stworzenia, które mogą żyć wszędzie, jednak nie są podobne do żadnych innych organizmów. Łączy je z nami jedynie to, iż żyją. Niektóre są nieszkodliwe dla ludzi, inne pasożytują na nich. Większość osób nie zdaje sobie nawet sprawy z ich istnienia, gdyż nie są w stanie ich zobaczyć, inni boją się ich niczym demonów, pozostali, którzy są w stanie je zobaczyć, chronią ludzi przed ich działaniem, a nazywają się oni mushishi. Do ostatniej z grup należy bohater anime - Ginko, zajmuje się badaniem mushi oraz pomaga ludziom radzić sobie z problemami, których przysparzają. Bohater nie jest jednak normalnym Mushishi, gdyż swoją obecnością przyciąga mushi, przez co nie może pozostać na dłużej w jednym miejscu.