Bóg wojny i strażnik jego imiennej planety, Marsa, został niegdyś zapieczętowany przez Seiję, ale czas minął i zbliża się jego odrodzenie. Tymczasem Saori Kido (Atena) wychowuje chłopca Kougę, którego życie uratowało Seiya, i codziennie trenuje, by zostać świętym, aby przygotować się na nadchodzący kryzys ... Nieświadomy swego przeznaczenia, gdy Kouga przebudzi się do mocy swojego Kosmosu ukrytego w nim, zasłona wzniesie się na legendzie o nowym świętym.

Riki jest dzieckiem, które straciło swoich rodziców. Po ich utracie popadł w głęboką depresję, z której wyciągnęła go czwórka dzieciaków, nazywających się "Little Busters". Grupa ta zawsze bawiła się z chłopcem, gdy czuł się samotny, odganiając jego smutki, a jego depresja powoli zaczęła zanikać. Obecnie grupka przyjaciół jest już w szkole średniej, gdzie wspólnie cieszą się kolejnymi dniami spędzonymi razem. Otaczający ich świat zdaje się jednak skrywać pewną tajemnicę.

Istnieje mały odsetek społeczeństwa, u którego w latach młodości obserwuje się rozwój specjalnych zdolności. Yuu Otosaka używa swojej umiejętności bez informowania o tym innych, by prowadzić spokojne, szkolne życie. Pewnego dnia trafia na dziewczynę zwaną Nao Tomori. Spotkanie to odkrywa prawdę o przeznaczeniu ludzi posiadających nadnaturalne zdolności.

Pod koniec ostatnich wakacji w liceum Youta Narukami spędza całe dnie przygotowując się do egzaminów wstępnych na uniwersytet, kiedy nagle pojawia się młoda dziewczyna imieniem Hina, ogłaszając się „bogiem wszechwiedzy”. Youta jest zdezorientowany i nie wierzy Hinie, kiedy mówi mu: „Świat skończy się za 30 dni”. Po zobaczeniu Bożej zdolności przewidywania Hiny, Youta zaczyna wierzyć, że jej moce są prawdziwe. Hina, która mimo swych nadprzyrodzonych mocy jest niewinna i dziecinna, z jakiegoś powodu postanawia zostać w domu Youty. Tak zaczyna się ich pełne życia lato przed końcem świata.