Alienoid rozgrywa się w dwóch przestrzeniach czasowych. Współcześnie, gdy ludzie polują na więźnia z kosmosu zamkniętego w ludzkim ciele oraz pod koniec dynastii Goryeo, w której Gurus próbuje dostać w swoje ręce tajemniczy święty miecz. Gdy otwiera się portal do podróży w czasie, obie grupy bohaterów się spotykają. 10 lat wcześniej grupa skazanych przestępców z kosmosu zostaje wysłana na Ziemię, ale jednemu z bohaterów udaje się ich zamknąć w ludzkich mózgach. Po jakimś czasie ich szef zwany architektem uwalnia się z więzienia, więc postacie ruszają w pościg. Portal do podróży w czasie natomiast powstaje w wyniku nieoczekiwanego starcia pozaziemskich sił.

Wrota czasu otwierają się pomiędzy szermierzem z końca dynastii Goryeo, który pragnie zdobyć legendarny boski miecz, a ludźmi z 2022 roku, którzy ścigają kosmicznego więźnia ukrytego w ludzkim ciele.

W ostatecznym sprawdzianie miłości zajmujący się domem były agent zostaje uwikłany w groźną misję ze swoją prowadzącą śledztwo żoną, która nie wie nic o jego przeszłości.

Marzący o karierze pisarza Jong-so, został zmuszony do powrotu na rodzinną wieś. Chłopak przeżywa właśnie zauroczenie Haemi, która twierdzi, że zna go ze szkoły. Pod jej nieobecność Jong-soo opiekuje się kotem, którego nigdy nie udaje mu się zobaczyć, choć znika zostawiane dla niego jedzenie. Z dalekiej podróży Haemi przywozi Bena, zamożnego, pewnego siebie światowca, i to z nim spędza teraz czas. Zrozpaczony Jong-soo krąży wokół szczęśliwej pary - aż do dnia, w którym dziewczyna znika. Z dnia na dzień chłopak nabiera coraz większej pewności, że to Ben jest za to odpowiedzialny.