W małej wiosce pojawia się tajemnicza choroba dziesiątkująca populację, a miejscowi obwiniają o jej pojawienie się nowoprzybyłego. Uważają, że obudził i rozzłościł złe duchy. Gdy córka policjanta pracującego nad sprawą zaraża się, ten wzywa na pomoc szamana, by odnaleźć prawdziwą przyczynę zarazy.

Alienoid rozgrywa się w dwóch przestrzeniach czasowych. Współcześnie, gdy ludzie polują na więźnia z kosmosu zamkniętego w ludzkim ciele oraz pod koniec dynastii Goryeo, w której Gurus próbuje dostać w swoje ręce tajemniczy święty miecz. Gdy otwiera się portal do podróży w czasie, obie grupy bohaterów się spotykają. 10 lat wcześniej grupa skazanych przestępców z kosmosu zostaje wysłana na Ziemię, ale jednemu z bohaterów udaje się ich zamknąć w ludzkich mózgach. Po jakimś czasie ich szef zwany architektem uwalnia się z więzienia, więc postacie ruszają w pościg. Portal do podróży w czasie natomiast powstaje w wyniku nieoczekiwanego starcia pozaziemskich sił.

Świat został zamieniony w gruzy w wyniku potężnego trzęsienia ziemi. Chociaż nikt nie wie na pewno, jak daleko sięgają ruiny ani jaka może być przyczyna trzęsienia ziemi, w sercu Seulu stoi tylko jeden budynek mieszkalny. Nazywa się Hwang Gung Apartments. Solidarność mieszkańców szybko maleje. Pod przywództwem tajemniczego Yeong-taka szczęśliwi mieszkańcy budynku siłą eksmitują bezdomnych szukających schronienia i narzucają faszystowską dyscyplinę.