Mulder, który znika na początku dziewiątego sezonu, by swoją osobą nie zagrażać Scully i dziecku, zdobywa informacje o dacie planowanej kolonizacji – 22 grudnia 2012. W Bluemont w Virginii, chyłkiem przemyka się do rządowego budynku i rozpoczyna inspekcję. W pewnej chwili atakuje go jednak Knowle Rohrer – super-żołnierz i członek Nowego Syndykatu, praktycznie niezniszczalny. W walce z Rohrerem pomaga Mulderowi duch Kryceka. Zrzucony na kable elektryczne Rohrer wydaje się być martwy, więc Mulder zostaje natychmiast aresztowany pod zarzutem morderstwa. Mulder prosi Skinnera, by go bronił. Proces, który potem następuje, zamienia się w farsę, pomimo zeznań Marity Covarrubias, Jeffreya Spendera i Gibsona Praise'a. Mulder zostaje skazany na śmierć, lecz z pomocą przyjaciół ucieka z celi śmierci. Wraz ze Scully, odwiedza również Palacza. Zostają wtedy zaatakowani przez Rohrera i innych. Palacz ginie, a para agentów ucieka w nieznanym kierunku.